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定量蛋白質組學方法學介紹：Label-free：Label-free定量，即非標記的定量蛋白質組學，不需要對比較樣本做特定標記處理，只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質譜響應信號便可得到樣品間蛋白表達量的變化，通常用于分析大規模蛋白鑒定和定量時所產生的...

RNA-Seq轉錄組學技術優勢：RNA-seq技術可以檢測到低水平表達、未識別的轉錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個更廣的檢測動態范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網絡的構建、發現選擇性剪切轉錄物，檢測到等位基因的具...

蛋白質磷酸化修飾類型：根據磷酸氨基酸殘基的不同，可將磷酸化蛋白質分為4類，即O-磷酸鹽蛋白質、N-磷酸鹽蛋白質、酰基磷酸鹽蛋白質和S-磷酸鹽蛋白質。1、O-磷酸鹽蛋白質通過羥氨基酸（如絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸）的磷酸化形成。2、 N-磷酸鹽蛋白質通過精氨酸、賴氨...

蛋白質磷酸化修飾鑒定方法： Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳：Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳通過連接在丙烯酰胺分子上的雙核金屬（如Mn2+）配合物對磷酸基團的親和，造成磷酸化蛋白遷移的滯留，再將電泳結果轉移到PVD...

蛋白質組學發展趨勢：技術發展方面：蛋白質組學的研究方法將出現多種技術并存，各有優勢和的特點，而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發展新方法外，更強調各種方法間的整合和互補，以適應不同蛋白質的不同特征。另外，蛋白質組學與其它學科的交叉也將日益明顯和重要...

RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數據自己進行后續的生信分析（質控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，...

circRNA轉錄組學：是一類具有閉合環狀結構的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結構和3′poly（A）結構，主要位于細胞質或儲存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達更穩定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內[1]。大多數circRNA是由外顯子環化...

蛋白質乙酰化修飾的功能：目前對乙酰化修飾的功能研究主要集中在對細胞轉錄調控，以及對代謝通路的調控這兩個方面。在眾多乙酰化修飾的蛋白質中，研究較多的要數細胞核中包圍DNA的組蛋白了。組蛋白和DNA纏繞構成核小體，組蛋白的甲基化、乙酰化修飾能夠調節DNA纏繞的松緊...

轉錄組學測序類型：1.根據RNA種類：可以分為mRNA測序，SmallRNA測序，LncRNA測序、CircRNA測序、全轉錄組測序等。2.根據物種特點：比如真核生物或者原核生物，是否有參考基因組，測序平臺的不同，分為真核有參和無參轉錄組測序，原核轉錄組測序，...

質譜分析蛋白翻譯后修飾：相對于蛋白質印跡等技術，質譜技術能更有效的對蛋白質的翻譯后修飾進行分析，且可以對常規的Western blot 翻譯后修飾蛋白鑒定進行補充。質譜分析蛋白翻譯后修飾一般使用自下而上的基于肽段的方法。但是自下而上的質譜方法無法保證可以完全識...

PRM靶向蛋白質組學：是一種基于Orbitrap為表示的高分辨、高精度質譜的離子監視技術，首先利用四級桿質量分析器的選擇能力，用Q1選擇目標肽段的母離子，隨后在collisioncell中對母離子進行碎裂，然后利用Orbitrap分析器在二級質譜中檢測所選擇的...

轉錄組及轉錄組測序（RNA-seq）：轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組測序（RNA-seq）主要通過高通量測序研究特定組織或細胞在某個時期轉錄出來的mRNA的表達量，進而對相關基因和表型的關系進...

蛋白質學組翻譯后修飾的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一種替代方法，分析組蛋白時其原理類似于自下而上分析策略。在使用這種分析方法時，通常需要將被檢測蛋白質消化成3-9kDa范圍內的肽段，因此也無法保證檢測到的肽段的完整性。但是，由于儀...

轉錄組學（Transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內所有轉錄產物的匯合，包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉運RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA)；狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組具有很強的時間和空間特性，是基因...

蛋白質乙酰化修飾鑒定流程：1. 組織/細胞破碎，提取、提純目的蛋白質。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 使用高效特異性乙酰化抗體對乙酰化修飾肽段進行免疫富集。4. 使用LC-MS/MS對富集的乙酰化肽段進行鑒定分析。5. 數據分析，并對鑒定的乙...

代謝組學尿液樣本收集：1）取空腹晨尿、中段尿（臨床）或晨間1 h尿（動物）于50 mL離心管中；2）4 ℃ 下10000 rpm離心10 min取上清，用1.5 mL離心管分裝，保存于-80 ℃。3）動物1 h尿量不夠的情況下，可分多次收集尿液；如需收取24 ...

蛋白質乙酰化修飾組學定量分析：1. SILAC細胞標記，組織/細胞破碎，提取、提純目的蛋白質（基于SILAC的乙酰化修飾組學定量）。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 對多肽片段進行iTRAQ標記（基于iTRAQ的乙酰化修飾組學定量）。4. 使用...

蛋白質磷酸化修飾類型：根據磷酸氨基酸殘基的不同，可將磷酸化蛋白質分為4類，即O-磷酸鹽蛋白質、N-磷酸鹽蛋白質、酰基磷酸鹽蛋白質和S-磷酸鹽蛋白質。1、O-磷酸鹽蛋白質通過羥氨基酸（如絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸）的磷酸化形成。2、 N-磷酸鹽蛋白質通過精氨酸、賴氨...

蛋白質-蛋白質相互作用是蛋白質發揮功能的主要機制之一,在DNA損傷修復,自噬和代謝等過程中都扮演著非常重要的角色,蛋白相互作用異常便會導致疾病的發生.在蛋白質的賴氨酸,絲氨酸和蘇氨酸等氨基酸殘基上,可發生甲基化,乙酰化,磷酸化和泛素化等200多種翻譯后修飾,這...

轉錄組是特定發育階段或生理條件下細胞內的完整轉錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態。轉錄組測序可以對所有轉錄物進行分類、確定基因的轉錄結構、量化轉錄物的表達水平。蛋白質是生命功能的直接執行者，蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。整合轉錄組學和蛋白...

蛋白質泛素化修飾組學技術：泛素化修飾是一種重要的翻譯后修飾。泛素-蛋白酶體系統介導了真核生物體內80%~85%的蛋白質降解。此外，泛素化修飾還可以直接影響蛋白質的活性和定位，調控包括細胞周期、細胞凋亡、轉錄調控、DNA 損傷修復以及免疫應答等在內的多種細胞活動...

翻譯后修飾蛋白的檢測方法：翻譯后修飾蛋白的檢測技術包括有免疫沉淀、western blot、質譜技術、體外生化分析等。其中，免疫沉淀是大多數翻譯后修飾檢測中的關鍵步驟，它利用蛋白特異性抗體或某種翻譯后修飾的特異性抗體來富集目標蛋白，之后再用western bl...

代謝組學什么類型的樣本更適合，樣本采集需要注意什么？絕大多數可以可靠收集的生物樣本都適用于代謝組學研究。常見的樣本主要有：臨床和動物的血清、血漿、尿液、糞便、各類組織、體液；細胞和微生物、培養液和發酵液；植物的根、莖、葉、花等。代謝每時每刻都在發生變化，我們需...

蛋白質學組翻譯后修飾的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一種替代方法，分析組蛋白時其原理類似于自下而上分析策略。在使用這種分析方法時，通常需要將被檢測蛋白質消化成3-9kDa范圍內的肽段，因此也無法保證檢測到的肽段的完整性。但是，由于儀...

蛋白質學組翻譯后修飾的類型：翻譯后修飾的類型包括N端fMet或Met的去除、二硫鍵的形成、化學修飾和肽鍵的裂解，其中磷酸化是比較常見的。蛋白質的化學修飾反應是在維持蛋白質的完整性和功能性的基礎上，通過基于其氨基酸殘基的化學反應獲得新的生物結合物。翻譯后修飾在哪...

蛋白組學樣本要求：常規組織：（心、肝、脾、肺、腎、腸、腦、肌肉等）PBS洗滌去除殘留血液和污染物，剔除無關的干擾組織（血管、脂肪、結締組織等）；沖洗干凈，用組織剪或手術刀將組織分離成1cm3左右的小塊；液氮速凍5min，保存于-80℃。軟骨組織：PBS洗滌去除...

蛋白質乙酰化修飾定義：蛋白質在細胞中經過翻譯后，到被運輸到相應的細胞器并且發生特定的生物學作用前會經過很重要的一步加工，那就是蛋白質翻譯后修飾加工。蛋白質翻譯后修飾的作用主要是改變蛋白質的活性、定位或功能。通過蛋白質翻譯后修飾也進一步增加了細胞通路機制和生命活...

蛋白翻譯后修飾檢測：由于PTMs在基礎生物學以及疾病發病機理中的重要性，因此非常需要對蛋白質的翻譯后修飾進行檢測。對蛋白翻譯后修飾進行研究時通常需要富集步驟，因為這些翻譯后修飾的蛋白質相對含量較低。大多數PTMs的檢測方法與富集策略結合在一起開發，以提供比較好...

蛋白質學組翻譯后修飾分析：組蛋白是一類高度保守的蛋白質，是染色質的關鍵成分，是DNA包裝的結構單位。組蛋白的功能受其翻譯后修飾介導。組蛋白翻譯后修飾包括通過絲氨酸或蘇氨酸殘基的磷酸化，賴氨酸或精氨酸的甲基化，賴氨酸的乙酰化和脫乙酰基，賴氨酸的泛素化和磺酰化等對...

轉錄組學測序比其他研究方法有哪些優勢?轉錄組學測序具有以下優勢：（1）可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度，同時不存在傳統微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題；（2）靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本；（3）可以...