藥物代謝和代謝組學區別:代謝組學與藥物代謝不同是它關注的對象不是外源性的藥物而是生物體本身就有的內源性代謝物。這些代謝物是糖,脂肪,蛋白質,核酸,膽汁酸等等代謝得到的。還有共生菌代謝的,是一個龐大的混合物。目的是通過樣本的對比,發現潛在標志物,指導疾病早期診斷...
定量蛋白質組學技術:定量蛋白質組學是蛋白質組研究的重要內容,通過對基因表達產物——蛋白質的定量分析,以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達情況。近年來,隨著非凝膠技術的發展,蛋白質組學(“Shotgun”proteomics)技術,特別是多維蛋白質鑒定...
蛋白質組的研究不但能為生命活動規律提供物質基礎,也能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據和解決途徑。通過對正常個體及病理個體間的蛋白質組比較分析,我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質分子”,它們可成為新藥物設計的分子靶點,或者也會為疾病的早期診斷提供分子標...
代謝組學有哪些研究方式?根據有沒有研究目標或方向來確定,在不確定代謝物或者代謝途徑時可使用非靶向代謝組學尋找切入點,在有目標時則使用靶向定量進行深入研究,針對性研究脂質的則可以使用脂質組學技術。另外比較新的,譜領生物還提供基于穩定性同位素示蹤技術的代謝流組學技...
質譜分析蛋白翻譯后修飾:相對于蛋白質印跡等技術,質譜技術能更有效的對蛋白質的翻譯后修飾進行分析,且可以對常規的Western blot 翻譯后修飾蛋白鑒定進行補充。質譜分析蛋白翻譯后修飾一般使用自下而上的基于肽段的方法。但是自下而上的質譜方法無法保證可以完全識...
蛋白組學技術:質譜技術相較于傳統蛋白質鑒定技術而言,擁有靈敏、準確、高通量、自動化等特點。質譜鑒定蛋白質的基本原理是先將樣品分子離子化,然后根據不同離子之間的質荷比差異來分離并確定蛋白質的相對分子質量。根據蛋白質酶解后所得到的肽質量指紋圖譜、肽序列標簽、和肽階...
蛋白質翻譯后修飾組學:血漿蛋白糖基化修飾分析:蛋白質糖基化指碳水化合物通過共翻譯或翻譯后修飾的方式附著到蛋白質上的過程,是一種常見的蛋白質翻譯后修飾。分泌的細胞外蛋白常被糖基化,糖基化蛋白通常是重要的整合膜蛋白。血漿中的蛋白質包括維持機體正常生理狀態的蛋白質和...
定量蛋白質組學方法學介紹:Label-free:Label-free定量,即非標記的定量蛋白質組學,不需要對比較樣本做特定標記處理,只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質譜響應信號便可得到樣品間蛋白表達量的變化,通常用于分析大規模蛋白鑒定和定量時所產生的...
定量蛋白質組學的方法學背景和意義:從生命活動的直接執行者——蛋白質的角度研究生命現象和規律(特別是疾病防治和病理研究)已成為研究生命科學的主要手段。而這些研究往往離不開對細胞、組織中含有蛋白質種類和表達量的研究。對處不同時期、不同條件下蛋白質表達水平變化的研究...
蛋白質乙酰化修飾組學技術:乙酰化修飾是體內保守的可逆轉的蛋白修飾,對細胞核內轉錄調控因子的刺激有著重要的作用。此外,還存在的非組蛋白乙酰化修飾參與了代謝通路及代謝酶活性的調節。采用肽段預分離降低高豐度組蛋白對蛋白乙酰化鑒定的影響,再結合免疫共沉淀通過抗體富集乙...
蛋白質組學在醫療和健康方面有什么應用?具體而言,蛋白質組學在此類應用中,更多地用于提供高通量蛋白質定性定量信息。作為檢測手段的蛋白質組學:事實上,在當前的生物醫學研究和臨床診斷中,蛋白質組學相關技術有非常多的應用。因為蛋白質組學技術的本質(從分析化學角度來看)...
蛋白質學組翻譯后修飾分析自中而下分析策略:自中而下的蛋白質組學技術可用于組蛋白修飾的分析。樣品制備與普遍使用的自下而上的分析策略相同,直到得到純化的組蛋白。提取組蛋白后,用GluC進行消化。然后用弱陽離子交換/親水相互作用色譜(WCX-HILIC)與配備電子轉...
代謝組學有哪些應用?近年來,代謝組學技術得到了迅速發展,主要可應用于:功能基因組學、疾病早期診斷、病因病機研究、藥物毒理學、中醫藥現代化、植物代謝組學、微生物代謝組學、營養學、環境科學等生命科學的各個領域。為什么要選擇代謝組學?首先需要明確的是代謝組學的目標分...
蛋白質組(Proteome)的概念指由一個基因組(genome),或一個細胞、組織表達的所有蛋白質(Protein).蛋白質組的概念與基因組的概念有許多差別,它隨著組織、甚至環境狀態的不同而改變.在轉錄時,一個基因可以多種mRNA形式剪接,并且,同一蛋白可能以...
什么叫轉錄組學?廣義轉錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質分子和它們所組成的基因功能網絡以及它們與細胞功能的關系....
蛋白質組學主要以全蛋白組(組織、細胞)、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象,通過對蛋白組進行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物學功能、作用機制、疾病診斷的標志物以及預測蛋白的上、下游變化關系。蛋白質組學可以克服核酸水...
代謝組學樣品收集方法及所需樣本量是什么?(1) 血清樣品: 避免反復凍融。血液收集在離心管中靜置30分鐘進行凝血。8000rpm離心10分鐘,取上清分裝到凍存管中,放置液氮中或-80度凍存;單個樣本要求體積為50μL。(2) 尿液樣品:臨床樣本請全部取清晨第1...
蛋白質組學在醫學的研究應用:蛋白質組學(Proteomics)是研究細胞、組織或生物體中蛋白質組成、定位、變化及其相互作用規律的科學。labelfree-非標定量法分析技術方法:非標定量法[Labelfree]是近年來重要的質譜定量方法,通過比較質譜分析次數或...
蛋白質組學在醫療和健康方面有什么應用?基于質譜的蛋白質組學是目前比較主流的高通量蛋白質研究手段,當前在醫療健康方面的應用主要集中于基礎研究和轉化醫學。隨著質譜、系統生物學、生物信息學等相關學科的發展,我認為今后我們會更多地在現實生活中見到蛋白質組學相關的應用。...
代謝組學發展前景:代謝組學是繼基因組學、蛋白質組學、轉錄組學后出現的新興“組學”,每年發表的代謝組學研究的文章數量都在不斷增加。代謝組學的發展很迅速,盡管還沒有經典論文出現,但是研究人員相信,與基因組學和蛋白質組學相比,代謝組學將在臨床上發揮更大的作用。許多公...
蛋白質學組翻譯后修飾分析自中而下分析策略:自中而下的蛋白質組學技術可用于組蛋白修飾的分析。樣品制備與普遍使用的自下而上的分析策略相同,直到得到純化的組蛋白。提取組蛋白后,用GluC進行消化。然后用弱陽離子交換/親水相互作用色譜(WCX-HILIC)與配備電子轉...
代謝組學是研究關于生物體被擾動后(如基因的改變或環境變化后)其代謝產物(內源性代謝物質)種類、數量及其變化規律的科學。代謝組學著重研究的是生物整體、組織的內源性代謝物質的代謝途徑及其所受內在或者外在因素的影響及隨時間變化的規律。代謝組學通過揭示內在和外在因素影...
單細胞轉錄組學測試步驟:第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多,物理切割,酶消化,FACS分選等。假如已經分到了一個單細胞,跟常規的轉錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的,難建庫成功...
定量蛋白質組學方法學介紹:iTRAQ:iTRAQ定量是目前定量蛋白質組學應用比較普遍的技術,該技術的關鍵原理是多肽標記和定量,將多肽的含量轉化為114、115、116和117同位素的含量(或113、114、115、116、117、118、119和121的8標記...
翻譯后修飾蛋白組學分析:蛋白質組學的研究的工作不只聚焦于細胞不同生長時期或是疾病條件下的蛋白質表達水平變化,許多至關重要的生命進程不只由蛋白質相對豐度控制,更重要的是被時空特異分布的、可逆的翻譯后修飾所調控,因而揭示翻譯后修飾發生規律是解析蛋白質復雜多樣的生物...
什么是蛋白質的翻譯后修飾?蛋白質的翻譯后修飾(post-translational-modification-analysis.html)是指蛋白質在翻譯后的化學修飾。對于大部分的蛋白質來說,這是蛋白質生物合成的較后步驟。PTM是細胞信號傳導中的重要組成部分。...
RNA-seq轉錄組學技術優勢有:1、可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度;2、靈敏度高,可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本;3、可以對任意物種進行全基因組分析,能夠檢測未知基因,發現新的轉錄本,并準確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR...
蛋白質-蛋白質相互作用是蛋白質發揮功能的主要機制之一,在DNA損傷修復,自噬和代謝等過程中都扮演著非常重要的角色,蛋白相互作用異常便會導致疾病的發生.在蛋白質的賴氨酸,絲氨酸和蘇氨酸等氨基酸殘基上,可發生甲基化,乙酰化,磷酸化和泛素化等200多種翻譯后修飾,這...
蛋白質乙酰化修飾的功能:目前對乙酰化修飾的功能研究主要集中在對細胞轉錄調控,以及對代謝通路的調控這兩個方面。在眾多乙酰化修飾的蛋白質中,研究較多的要數細胞核中包圍DNA的組蛋白了。組蛋白和DNA纏繞構成核小體,組蛋白的甲基化、乙酰化修飾能夠調節DNA纏繞的松緊...
轉錄組學的概念:轉錄組是指特定組織或細胞在某一發育階段或功能狀態下轉錄出來的所有RNA的匯合,包括蛋白質編碼的信使RNA和非編碼RNA(rRNA、tRNA和其他ncRNAs),高通量測序技術也被稱為下一代測序(NGS)技術,推進了基因組學的研究進展。該項新技術...