蛋白質組學:質譜分析蛋白質組學的基本原理主要是通過測定被測樣品離子的理化性質來進行分析,根據樣品的質量譜圖和相關信息從而得到定性和定量結果。目前,蛋白質組學質譜分析一般是根據保留時間(retentiontime)、質荷比(m/z)、離子強度(intensity)這三個維度對肽蛋白質進行鑒定和定量,即3D蛋白質組學。4D蛋白質組學在3D蛋白質組學的基礎之上增加了第四維度,離子淌度(mobility),主要根據離子的形狀和截面對離子進行分離,能夠區分m/z差值非常小的肽段,使低豐度蛋白信號能夠被區分和識別出來。4D蛋白質組學基于timsTOFPro質譜儀,結合PASEF(ParallelAccum...
LabelFree(非標記蛋白質組學技術):在非標記策略的定量模型中,主要涉及兩種不同的算法:其一,以肽段的色譜峰積分面積為基礎,通過比較一對生物樣品中相對應到蛋白質酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度;其二,以肽段被質譜檢測的計數為基礎,通過歸一化來表征被檢測蛋白質的相對豐度。非標記技術認為肽段在質譜中被捕獲檢測的頻率(Counts)與其在混合物中的豐度成正相關,因此蛋白質被質譜檢測的計數反映了蛋白質的豐度,通過適當的數學公式可以將質譜檢測計數與蛋白質的量聯系起來,從而對蛋白質進行定量。蛋白質組學研究的首要任務是建立獲取和分析蛋白質的常規、可靠、有效的技術。貴陽PRM靶向定量蛋白質組學...
蛋白組究竟研究的是什么呢?第1,蛋白質定性,或者說大規模檢測某些蛋白質是否存在于樣品當中;第2,蛋白質定量,也就是大規模檢測某些蛋白質的含量(包括一定含量與相對含量);第3,蛋白質翻譯后修飾,這些修飾主要包括磷酸化,泛素化,糖基化,乙酰化等等,也包括對這些翻譯后修飾的定量研究。這三大塊中所提到的大規模,既可以是樣品數量的大規模高通量,也可以是少量樣本中蛋白數量的大規模高通量。研究原因:首先,由于翻譯調控和翻譯后調控的存在,RNA的表達量與實際對應蛋白質的含量相關性并不高,就簡單地測試了酵母中mRNA和對應蛋白質的定量相關性,結果是,低豐度蛋白與mRNA的相關性尤其低,而高豐度蛋白和其mRNA的...
蛋白組究竟研究的是什么呢?第1,蛋白質定性,或者說大規模檢測某些蛋白質是否存在于樣品當中;第2,蛋白質定量,也就是大規模檢測某些蛋白質的含量(包括一定含量與相對含量);第3,蛋白質翻譯后修飾,這些修飾主要包括磷酸化,泛素化,糖基化,乙酰化等等,也包括對這些翻譯后修飾的定量研究。這三大塊中所提到的大規模,既可以是樣品數量的大規模高通量,也可以是少量樣本中蛋白數量的大規模高通量。研究原因:首先,由于翻譯調控和翻譯后調控的存在,RNA的表達量與實際對應蛋白質的含量相關性并不高,就簡單地測試了酵母中mRNA和對應蛋白質的定量相關性,結果是,低豐度蛋白與mRNA的相關性尤其低,而高豐度蛋白和其mRNA的...
蛋白質組學技術:等電聚焦:等電聚焦(isoelectricfocusing,IEF)是一種利用有pH梯度的介質分離等電點不同的蛋白質的電泳技術。等電聚焦凝膠電泳依據蛋白質分子的靜電荷或等電點進行分離,等電聚焦中,蛋白質分子在含有載體兩性電解質形成的一個連續而穩定的線性pH梯度中電泳。載體兩性電解質是脂肪族多氨基多羧酸,在電場中形成正極為酸性,負極為堿性的連續的pH梯度。蛋白質分子在偏離其等電點的pH條件下帶有電荷,因此可以在電場中移動;當蛋白質遷移至其等電點位置時,其靜電荷數為零,在電場中不再移動,據此將蛋白質分離。蛋白質組(Proteome)一詞,源于蛋白質(protein)與基因組(gen...
蛋白質組學:蛋白質組一詞,源于蛋白質與基因組兩個詞的組合,意指“一種基因組所表達的全套蛋白質”,即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。蛋白質組學本質上指的是在大規模水平上研究蛋白質的特征,包括蛋白質的表達水平,翻譯后的修飾,蛋白與蛋白相互作用等,由此獲得蛋白質水平上的關于疾病發生,細胞代謝等過程的整體而全方面的認識。蛋白質組的研究不只能為生命活動規律提供物質基礎,也能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據和解決途徑。通過對正常個體及病理個體間的蛋白質組比較分析,我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質分子”,它們可成為新藥物設計的分子靶點,或者也會為疾病的早期診斷提供分子標志。確實,那些...
蛋白質組學主要以全蛋白組(組織、細胞)、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象,通過對蛋白組進行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物學功能、作用機制、疾病診斷的標志物以及預測蛋白的上、下游變化關系。蛋白質組學可以克服核酸水平預測的不確定性、反映核酸翻譯后修飾情況。常用技術:非靶向蛋白組學:蛋白質定性(膠條鑒定和溶液鑒定),高通量定量蛋白組(Labelfree、iTRAQ/TMT和DIA定量),多肽組學。對人類而言,蛋白質組學的研究終究要服務于人類的健康。北京定量蛋白組學分析價格蛋白質組學在醫學的研究應用:蛋白質組學(Proteomics)是研究細胞、組織或...
PRM靶向蛋白組學:PRM技術是一種根據已知實測信息或質譜檢測規律的假定信息對樣品中的蛋白質進行靶向定量的技術。該技術主要應用儀器為QExactive系列質譜儀,首先以四極桿作為質量過濾器,特異性地選擇與預先設定質荷比相同的肽段離子(母離子)通過,隨后在高能碰撞池中碎裂母離子,之后通過Orbitrap分析碎片離子(子離子)得到肽段的二級質譜信息。四極桿的高選擇性離子過濾與Orbitrap高分辨率測量技術的結合使得PRM技術有很高的特異性,并且有效的降低了背景噪音,去除了干擾離子,提高了靈敏度。在確保數據質量的前提下,為了在一次分析中檢測更多的蛋白質,可用預置PRM(ScheduledPRM,s...
常規蛋白質組學:Labelfree多肽組學:顧名思義,就是不使用任何標記方法,直接對肽段進行質譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單,只需要對蛋白進行常規酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種:峰面積(Peakintensity)和峰計數(Spectralcount),常用的是峰面積。不過,由于質譜采集時只選取topN的母離子進行二級碎裂和MS2檢測,所以會丟失一些豐度較低的肽段信息,缺失值比較多。TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學:TMT全稱是TandemMassTag,是經典化學標記試劑,普遍用于差異表達蛋白質組分析研究中。該技術采用6重、10重或16重同位素標簽,與肽段的氨基發生共價結合反...
蛋白質組學技術:生物質譜:生物質譜技術是蛋白質組學研究中比較重要的鑒定技術,其基本原理是樣品分子離子化后,根據不同離子之間的荷質比(M/E)的差異來分離并確定分子量。對于經過雙向電泳分離的目標蛋白質用胰蛋白酶酶解(水解Lys或Arg的-C端形成的肽鍵)成肽段,對這些肽段用質譜進行鑒定與分析。目前常用的質譜包括兩種:基質輔助激光解吸電離-飛行時間質譜(MALDI-TOF-MS)和電噴霧質譜(ESI-MS)。蛋白質組的研究不但能為生命活動規律提供物質基礎,也能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據和解決途徑。定量蛋白質組學技術主要分為標記(label)和非標記(label free)定量策略。廣...
蛋白質組學技術:生物質譜:生物質譜技術是蛋白質組學研究中比較重要的鑒定技術,其基本原理是樣品分子離子化后,根據不同離子之間的荷質比(M/E)的差異來分離并確定分子量。對于經過雙向電泳分離的目標蛋白質用胰蛋白酶酶解(水解Lys或Arg的-C端形成的肽鍵)成肽段,對這些肽段用質譜進行鑒定與分析。目前常用的質譜包括兩種:基質輔助激光解吸電離-飛行時間質譜(MALDI-TOF-MS)和電噴霧質譜(ESI-MS)。蛋白質組的研究不但能為生命活動規律提供物質基礎,也能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據和解決途徑。蛋白質組學包括蛋白與蛋白相互作用等。山東新型修飾蛋白組學質譜鑒定定量蛋白質組學分析(Qu...
蛋白質組學發展趨勢:技術發展方面:蛋白質組學的研究方法將出現多種技術并存,各有優勢和的特點,而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發展新方法外,更強調各種方法間的整合和互補,以適應不同蛋白質的不同特征。另外,蛋白質組學與其它學科的交叉也將日益明顯和重要,這種交叉是新技術新方法的活水之源,特別是,蛋白質組學與其它大規??茖W如基因組學,生物信息學等領域的交叉,構成組學(omics)生物技術研究方法,所呈現出的系統生物學(SystemBiology)研究模式,將成為未來生命科學比較令人激動的新前沿。蛋白質組(Proteome)一詞,源于蛋白質(protein)與基因組(genome)兩個詞的...
蛋白質組(Proteome)的概念指由一個基因組(genome),或一個細胞、組織表達的所有蛋白質(Protein).蛋白質組的概念與基因組的概念有許多差別,它隨著組織、甚至環境狀態的不同而改變.在轉錄時,一個基因可以多種mRNA形式剪接,并且,同一蛋白可能以許多形式進行翻譯后的修飾.故一個蛋白質組不是一個基因組的直接產物,蛋白質組中蛋白質的數目有時可以超過基因組的數目.蛋白質組學(Proteomics)處于早期“發育”狀態,這個領域的**否認它是單純的方法學,就像基因組學一樣,不是一個封閉的、概念化的穩定的知識體系,而是一個領域.蛋白質組學集中于動態描述基因調節,對基因表達的蛋白質水平進行定...
蛋白質組學發展趨勢:技術發展方面:蛋白質組學的研究方法將出現多種技術并存,各有優勢和的特點,而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發展新方法外,更強調各種方法間的整合和互補,以適應不同蛋白質的不同特征。另外,蛋白質組學與其它學科的交叉也將日益明顯和重要,這種交叉是新技術新方法的活水之源,特別是,蛋白質組學與其它大規??茖W如基因組學,生物信息學等領域的交叉,構成組學(omics)生物技術研究方法,所呈現出的系統生物學(SystemBiology)研究模式,將成為未來生命科學比較令人激動的新前沿。蛋白質組意指“一種基因組所表達的全套蛋白質”,即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。四...
非標定量法(Label-free)是通過比較質譜分析次數或質譜峰強度,分析不同來源樣品蛋白的數量變化,認為肽段在質譜中被捕獲檢測的頻率與其在混合物中的豐度成正相關,因此蛋白質被質譜檢測的計數反映了蛋白質的豐度,通過適當的數學公式可以將質譜檢測計數與蛋白質的量聯系起來,從而對蛋白質進行定量。按照其原理主要分為兩種,第1種spectrumcounts類的非標記方法,發展比較早,已經形成多種定量算法,但是主要的原理都是以MS2的鑒定結果為定量基礎,各種方法的差別在于后期算法在大規模數據上的修正。第二種非標記定量的原理是以MS1為基礎,計算每個肽段的信號強度在LC-MS上的積分。蛋白質組意指“一種基因...
蛋白質組學是以蛋白質組為研究對象,研究細胞、組織或生物體蛋白質組成及其變化規律的科學。蛋白質組學研究不只是探索生命奧秘的必須工作,也能為人類健康事業帶來巨大的利益,是生命科學進入后基因時代的特征。蛋白質是生命存在和運動的物質基礎,是細胞增殖、分化、衰老和凋亡等重大生命活動的執行者,亦是基因功能活動的執行者,是生命現象復雜性和多變性的直接體現者。蛋白質組研究是為了識別及鑒定一個細胞或組織所表達的全部蛋白質以及它們的表達模式,是對基因組研究的重要補充,是對生物體在蛋白質水平上定量、動態、整體性的研究。這類研究有助于了解蛋白的結構、細胞的功能、生命的本質及活動規律,為疾病的診斷、診療、疫苗及新藥開發...
定量蛋白質組學技術:TMT定量蛋白組學技術:TMT(TandemMassTags)定量蛋白質組學技術多肽體外標記定量技術。這種技術采用多個(2-10)穩定同位素標簽,特異性標記多肽的氨基基團進行串聯質譜分析,能夠同時比較多達10種不同樣本中蛋白質的相對含量,可用于研究不同病理條件下或者不同發育階段的組織樣品中蛋白質表達水平的差異。iTRAQ定量蛋白組學技術是多肽體外標記定量技術。這種技術同TMT定量蛋白組學技術相似,可研究不同病理條件下或者不同發育階段的組織樣品中蛋白質表達水平的差異。iTRAQ定量是目前定量蛋白質組學應用比較普遍的技術。廣州定量N糖基化蛋白質組學應用我國科學家已經在重大疾病如...
蛋白質組學發展趨勢:1、基礎研究方面:近兩年來蛋白質組研究技術已被應用到各種生命科學領域,如細胞生物學、神經生物學等。在研究對象上,覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動物等范圍,涉及到各種重要的生物學現象,如信號轉導、細胞分化、蛋白質折疊等等。在未來的發展中,蛋白質組學的研究領域將更加普遍。2、應用研究方面:蛋白質組學將成為尋找疾病分子標記和藥物靶標比較有效的方法之一。在對早老性癡呆等人類重大疾病的臨床診斷和治理方面蛋白質組技術也有十分誘人的前景,目前國際上許多大型藥物公司正投入大量的人力和物力進行蛋白質組學方面的應用性研究。蛋白質組學包括蛋白與蛋白相互作用等。湖北常規蛋白質組學質譜分析蛋白...
定量蛋白質組學分析:特點:(1)不同樣本標記之后混樣,統一處理上機,減少了分別上機造成的實驗誤差,并利用同位素標簽的豐度來檢測,定量更準確,重復性更好;(2)由于需要標記試劑標記,因此成本相對較高;(3)通量高,在一次實驗中比較多可同時比較8個樣品;(4)利用基于同一個參考樣品的辦法,可以進行多于8個樣品的定量比較;(5)iTRAQ的覆蓋度高、靈敏度高。Label-Free定量蛋白質組學分析:Label-Free定量,即非標記的定量蛋白質組學,不需要對比較樣本做特定標記處理,只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質譜響應信號便可得到樣品間蛋白表達量的變化,通常用于分析大規模蛋白鑒定和定量時...
蛋白組學樣本寄送前是否需要精確計數或是稱量?不同樣本寄送會有不同的送樣要求,按照收集方法提供可以保證實驗用量充足。不需要精確計數或是稱量,項目開展前會進行蛋白濃度的測定,后續也是不同樣本等蛋白量處理、上機檢測,但是要保證每個樣本的寄樣量達到實驗要求。常規定量蛋白組實驗的主要步驟有哪些,數據分析內容包含哪些?實驗步驟:首先獲得生物學樣本,然后進行蛋白提取,定量,SDS-PAGE跑膠質控,還原烷基化,酶解,獲得肽段,(標記+分組分),上機檢測,搜庫軟件搜庫,數據分析;數據分析:主要分為基礎數據分析、?級數據分析和個性化數據分析三個部分?;A分析主要包括差異表達蛋白篩選、層次聚類分析分析、COG注釋...
定量蛋白質組學技術:定量蛋白質組學是蛋白質組研究的重要內容,通過對基因表達產物——蛋白質的定量分析,以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達情況。近年來,隨著非凝膠技術的發展,蛋白質組學(“Shotgun”proteomics)技術,特別是多維蛋白質鑒定(MultidimensionalProteinIdentification,MudPIT)已成為研究復雜生物樣本中大規模蛋白質表達和定性和定量分析的強有力工具。蛋白質組學在醫學的研究應用:蛋白質組學是研究細胞、組織或生物體中蛋白質組成、定位、變化及其相互作用規律的科學。iTRAQ定量是目前定量蛋白質組學應用比較普遍的技術。浙江蛋白質定量...
蛋白質組學發展趨勢:技術發展方面:蛋白質組學的研究方法將出現多種技術并存,各有優勢和的特點,而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發展新方法外,更強調各種方法間的整合和互補,以適應不同蛋白質的不同特征。另外,蛋白質組學與其它學科的交叉也將日益明顯和重要,這種交叉是新技術新方法的活水之源,特別是,蛋白質組學與其它大規??茖W如基因組學,生物信息學等領域的交叉,構成組學(omics)生物技術研究方法,所呈現出的系統生物學(SystemBiology)研究模式,將成為未來生命科學比較令人激動的新前沿。蛋白質組學技術有生物質譜。貴州蛋白質組學分析價格蛋白質組學技術:電噴霧質譜:ESI-MS是利用...
定量蛋白質組學技術:定量蛋白質組學技術主要分為標記(label)和非標記(labelfree)定量策略,標記策略又分為體內標記和體外標記兩種。細胞內蛋白質組豐度的動態變化對各種生命過程有重要影響。例如在許多疾病的發生和發展進程中,常常伴隨著某些蛋白質的表達異常。定量蛋白質組學就是把一個基因組表達的全部蛋白質或一個復雜的混合體系中所有的蛋白質進行精確的定量和鑒定。非標記(labelfree)的定量蛋白組學技術,Labelfree定量蛋白組學技術是通過液質聯用技術對蛋白質酶解肽段進行質譜分析,無需使用昂貴的穩定同位素標簽做內部標準,只需分析大規模鑒定蛋白質時所產生的質譜數據,比較不同樣品中相應肽段...
蛋白質組學,指對某一基因組所表達的所有蛋白質及其特征進行大規模、系統化地研究,以期望在蛋白質水平上解釋控制復雜的生命活動的分子網絡。研究的內容主要包括:組成蛋白質一級結構氨基酸的序列特征、蛋白質的豐度、蛋白質活性、蛋白質的修飾、亞細胞定位和三維結構、蛋白質之間的相互作用以及對蛋白質的高階復合物結構。質譜技術的發展為這些研究提供了有力的技術支撐,使得許多有實際應用的蛋白質組功能研究成為可能,包括翻譯后修飾的整體分析,蛋白質相互作用網絡的重建和模式生物蛋白表達譜的定量研究;在臨床醫學和轉化醫學研究中也越來越多地應用到蛋白質組學技術。蛋白質組學由此獲得蛋白質水平上的關于疾病發生,細胞代謝等過程的整體...
定量蛋白質組學分析(QuantitativeProteomics)是對一個基因組表達的全部蛋白質或一個復雜混合體系內所有蛋白質進行精確鑒定和定量。可用于篩選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達蛋白,結合生物信息學揭示細胞生理病理等功能,同時也可對某些關鍵蛋白進行定性和定量分析。目前定量蛋白質組學技術常見標記(Label)和非標記的(LabelFree)定量策略。定量蛋白質組學技術常見的幾類主要包括:LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白組學分析、SILAC/Dimethyl標記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學、TMT/iTRAQ/m...
LabelFree(非標記蛋白質組學技術):應用:1.需要快速在大量樣本中找到差異表達的蛋白組合。2.需要在較短時間以較低成本得到具有提示意義的蛋白表達數據。3.需要檢測的樣品蛋白含量低。4.需要檢測相互作用蛋白。技術特點:1.對質譜儀器設備要求較高,色譜和質譜需要同時有較好的穩定性和重復性。2.需要有特殊的定量分析軟件。3.對樣品中蛋白質總量要求較低,實驗周期短,實驗費用低。4.不需要額外并且昂貴的標記試劑,排除了標記過程帶入實驗誤差的風險,同時也不必考慮標記效率的問題。蛋白質組的研究能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據和解決途徑。江蘇TMT/iTRAQ標記定量蛋白質組學分析價格蛋白質...
蛋白質組學在醫療和健康方面有什么應用?具體而言,蛋白質組學在此類應用中,更多地用于提供高通量蛋白質定性定量信息。作為檢測手段的蛋白質組學:事實上,在當前的生物醫學研究和臨床診斷中,蛋白質組學相關技術有非常多的應用。因為蛋白質組學技術的本質(從分析化學角度來看),就是對蛋白質的定性定量分析。生物醫學和臨床診斷中,需要大量表征一種或多種蛋白質的含量、氨基酸序列、翻譯后修飾等信息。蛋白質組學相關技術目前在一小部分]應用中具有獨特優勢。有很多蛋白質組學的研究者在工業界和醫院進行相關研究和日常工作。很容易發現,當前蛋白質組學的臨床應用更多地集中在第二類。第1類的應用更接近于生物醫學基礎研究,目前還沒有和...
蛋白質組學是以蛋白質組為研究對象,研究細胞、組織或生物體蛋白質組成及其變化規律的科學。蛋白質組學研究不只是探索生命奧秘的必須工作,也能為人類健康事業帶來巨大的利益,是生命科學進入后基因時代的特征。蛋白質是生命存在和運動的物質基礎,是細胞增殖、分化、衰老和凋亡等重大生命活動的執行者,亦是基因功能活動的執行者,是生命現象復雜性和多變性的直接體現者。蛋白質組研究是為了識別及鑒定一個細胞或組織所表達的全部蛋白質以及它們的表達模式,是對基因組研究的重要補充,是對生物體在蛋白質水平上定量、動態、整體性的研究。這類研究有助于了解蛋白的結構、細胞的功能、生命的本質及活動規律,為疾病的診斷、診療、疫苗及新藥開發...
蛋白質組學技術:飛行時間質譜:MALDI的基本原理是將分析物分散在基質分子(尼古丁酸及其同系物)中并形成晶體,當用激光(337nm的氮激光)照射晶體時,基質分子吸收激光能量,樣品解吸附,基質-樣品之間發生電荷轉移使樣品分子電離。它從固相標本中產生離子,并在飛行管中測定其分子量,MALDI-TOF-MS一般用于肽質量指紋圖譜,非??焖伲看畏治鲋恍?~5min),靈敏(達到fmol水平),可以精確測量肽段質量,但是如果在分析前不修飾肽段,MALDI-TOF-MS不能給出肽片段的序列。生物質譜技術是蛋白質組學研究中比較重要的鑒定技術。貴州Label free非標記定量蛋白質組學價錢蛋白質組學在醫學...
蛋白質組學發展趨勢:1、基礎研究方面:近兩年來蛋白質組研究技術已被應用到各種生命科學領域,如細胞生物學、神經生物學等。在研究對象上,覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動物等范圍,涉及到各種重要的生物學現象,如信號轉導、細胞分化、蛋白質折疊等等。在未來的發展中,蛋白質組學的研究領域將更加普遍。2、應用研究方面:蛋白質組學將成為尋找疾病分子標記和藥物靶標比較有效的方法之一。在對早老性癡呆等人類重大疾病的臨床診斷和治理方面蛋白質組技術也有十分誘人的前景,目前國際上許多大型藥物公司正投入大量的人力和物力進行蛋白質組學方面的應用性研究。蛋白組學樣本寄送前是否需要精確計數或是稱量?廣東外泌體蛋白質組學價...