蛋白組究竟研究的是什么呢?第1,蛋白質定性,或者說大規模檢測某些蛋白質是否存在于樣品當中;第2,蛋白質定量,也就是大規模檢測某些蛋白質的含量(包括一定含量與相對含量);第3,蛋白質翻譯后修飾,這些修飾主要包括磷酸化,泛素化,糖基化,乙酰化等等,也包括對這些翻譯后修飾的定量研究。這三大塊中所提到的大規模,既可以是樣品數量的大規模高通量,也可以是少量樣本中蛋白數量的大規模高通量。研究原因:首先,由于翻譯調控和翻譯后調控的存在,RNA的表達量與實際對應蛋白質的含量相關性并不高,就簡單地測試了酵母中mRNA和對應蛋白質的定量相關性,結果是,低豐度蛋白與mRNA的相關性尤其低,而高豐度蛋白和其mRNA的相關性則高,經過平均后r值只為0.4。蛋白質組可以隨著組織、甚至環境狀態的不同而改變。貴州修飾蛋白組學技術服務
定量蛋白質組學分析(QuantitativeProteomics)是對一個基因組表達的全部蛋白質或一個復雜混合體系內所有蛋白質進行精確鑒定和定量。可用于篩選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達蛋白,結合生物信息學揭示細胞生理病理等功能,同時也可對某些關鍵蛋白進行定性和定量分析。目前定量蛋白質組學技術常見標記(Label)和非標記的(LabelFree)定量策略。定量蛋白質組學技術常見的幾類主要包括:LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白組學分析、SILAC/Dimethyl標記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白組學分析。哈爾濱DIA定量蛋白質組學一般流程蛋白質組學技術有等電聚焦。
定量蛋白質組學方法學介紹:Label-free:Label-free定量,即非標記的定量蛋白質組學,不需要對比較樣本做特定標記處理,只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質譜響應信號便可得到樣品間蛋白表達量的變化,通常用于分析大規模蛋白鑒定和定量時所產生的質譜數據。Label-free定量不需要標記處理,操作簡單,可以做任意樣本的總蛋白質差異定量,但對實驗操作的穩定性、重復性要求較高,準確性也較標記定量差。因此,Label-free技術適合于大樣本量的定量比較,以及對無法用標記定量實現的實驗設計。
PRM靶向蛋白組學:PRM技術是一種根據已知實測信息或質譜檢測規律的假定信息對樣品中的蛋白質進行靶向定量的技術。該技術主要應用儀器為QExactive系列質譜儀,首先以四極桿作為質量過濾器,特異性地選擇與預先設定質荷比相同的肽段離子(母離子)通過,隨后在高能碰撞池中碎裂母離子,之后通過Orbitrap分析碎片離子(子離子)得到肽段的二級質譜信息。四極桿的高選擇性離子過濾與Orbitrap高分辨率測量技術的結合使得PRM技術有很高的特異性,并且有效的降低了背景噪音,去除了干擾離子,提高了靈敏度。在確保數據質量的前提下,為了在一次分析中檢測更多的蛋白質,可用預置PRM(ScheduledPRM,sPRM)的方法,這種方法需要知道每個肽段的保留時間信息,使得每個肽段只在其洗脫時間窗口內執行PRM檢測,很大程度上提高了檢測效率,可同時檢測上百種蛋白質。PRM技術是目前應用較普遍的質譜蛋白質靶向定量技術。有很多蛋白質組學的研究者在工業界和醫院進行相關研究和日常工作。
蛋白質組學:常用技術:靶向蛋白組(PRM靶向蛋白/肽段定量),修飾蛋白組學(定量磷酸化修飾組學、定量糖基化修飾蛋白組學、定量乙酰化修飾蛋白組學和定量泛素化修飾蛋白組學),互作蛋白組學(代謝物與蛋白互作研究)。什么樣本能做蛋白組學檢測?大概可以測到多少的蛋白種類?原則上只要能提取到蛋白,就可以做蛋白組檢測。樣本測到的蛋白種類跟數據庫和樣本本身蛋白濃度有關,一般數據庫越大,可以鑒定到的蛋白質數量越多。也與樣本的類型有關,通常,組織細胞相比于體液樣本,能夠鑒定到更多的蛋白。定量蛋白質組學通過對蛋白質的定量分析,以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達情況。北京高通量蛋白質組學報價
蛋白質組學研究不僅是探索生命奧秘的必須工作,也能為人類健康事業帶來巨大的利益。貴州修飾蛋白組學技術服務
定量蛋白質組學技術:TMT定量蛋白組學技術:TMT(TandemMassTags)定量蛋白質組學技術多肽體外標記定量技術。這種技術采用多個(2-10)穩定同位素標簽,特異性標記多肽的氨基基團進行串聯質譜分析,能夠同時比較多達10種不同樣本中蛋白質的相對含量,可用于研究不同病理條件下或者不同發育階段的組織樣品中蛋白質表達水平的差異。iTRAQ定量蛋白組學技術是多肽體外標記定量技術。這種技術同TMT定量蛋白組學技術相似,可研究不同病理條件下或者不同發育階段的組織樣品中蛋白質表達水平的差異。貴州修飾蛋白組學技術服務
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