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iTRAQ標記定量蛋白組學技術研究方法：2021年7月，海南大學園藝園林學院吳友根教授課題組等在《Horticulture Research》期刊發表了題為“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果，通過RNA測序(RNA-seq)和iTRAQ標記定量蛋白組學技...

TMT標記定量蛋白質組學研究案例：2021年12月威爾康奈爾醫學中心和紀念斯隆凱特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授課題組在Nature Communications期刊發表的題為 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通過蛋白質組學和代謝組學研究方法，發現了高度轉移性 SOX2/OCT4+ 細胞的離散亞群表現出細胞內銅水平升高特征，探究了TM...

作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發育過程中蛋白質表達的定量比較，同時進行GO和KEGG通路富集分析。結果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非常活躍。為了評估轉錄組和蛋白質組之間的一致性，以及了解轉錄后的mRNA在蛋白質水平上是如何表現的，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。T...

TMT標記定量蛋白組學研究案例：2021年11月，南京中醫藥大學附屬醫院江蘇省中醫院單位（一作劉史佳研究員）及其課題組在MolecularMetabolism期刊發表的題為“Serumintegrativeomicsrevealsthelandscapeofhumandiabetickidneydisease”的研究成果，通過TMT標記定量蛋白組學和GC-MS非靶代謝組學研究方法，發現了糖尿病腎病（DKD）特征，篩選了蛋白和代謝容組合生物標志物。為優化糖尿病腎病（DKD）管理提供了豐富且開放訪問的數據資源。中文標題：血清綜合組學揭示人類糖尿病腎病情況研究對象：人血清發表期刊：Molecular...

蛋白組學技術可以提供細胞狀態和調控的功能信息，本研究建立了單細胞蛋白組學方法，實現了高靈敏度的蛋白組學檢測。該技術有助于揭示疾病的發病機制，探討預后和風險相關的不同腎臟疾病亞型中的蛋白組學異質性和獨特的蛋白標志物，為藥物靶點***提供希望。大規模單細胞分析對于捕獲復雜細胞系統中的生物異質性至關重要，但*基于RNA技術的單細胞轉錄組學數據并不能很好地**蛋白質水平上的變化。而單細胞蛋白組學技術能夠從蛋白質水平上破譯細胞機制并且獲得更多的信息。蛋白組學方案為組學研究涉及的樣本獲取,前處理,數據采集到分析的各個環節提供自動化。山東質譜 蛋白組學為了確定TMT AD蛋白網絡模塊是否也存在于其他的隊列和...

為了驗證TMT蛋白組學數據，作者選擇了18個與蓮種胚脫水保護功能密切相關的候選DEPs進行PRM蛋白靶向驗證。PRM鑒定了18個候選DEPs。這些蛋白質的表達模式在PRM和TMT的定量結果之間顯示出類似的趨勢。然而，PRM檢測到的蛋白豐度的倍數變化值要大于TMT數據。這一結果在很大程度上支持了TMT數據的可靠性。基于TMT標記定量蛋白質組學的生物信息學分析，對脅迫生理指標進行了測定，以驗證蓮種胚脫水的保護機制。在快速脫水階段，REC和MDA含量的變化與RWC相反，它們的水平迅速增加（圖6A，B）。ABA含量在快速脫水和脫水成熟階段前略有增加（圖6C）。上TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學 差異...

iTRAQ標記定量蛋白組學技術研究方法：2021年7月，海南大學園藝園林學院吳友根教授課題組等在《Horticulture Research》期刊發表了題為“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果，通過RNA測序(RNA-seq)和iTRAQ標記定量蛋白組學技...

隨著美國臨床蛋白質組**分析項目（CPTAC）和中國人類蛋白質組計劃(CNHPP)等大型蛋白質組學研究計劃的推進，發表了一系列**的大規模人群多組學分析文章[2,3]。這些高分文章通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、代謝組學、微生物組學等技術，在上百例的病例樣本中***表征了某種**的分子特征。對比這些文章，可以發現蛋白質組學數據在多組學數據分析中逐漸成為**結果，且蛋白質組學數據分析有些共同特點，即：1）基于蛋白質組進行**分子分型2）分析不同亞型患者的臨床特征3）免疫、代謝、突變、微生物等**領域研究熱點在不同亞型中的差別分析4）篩選亞型特征分子作為預后標志物或潛在的藥靶...

蛋白質組學(由鹿明生物提供技術支持)；2021年8月，中國醫學科學院基礎醫學研究所趙春華和韓欽課題組在Aging and disease期刊發表了題為“MSC-derived Exosomes can Enhance the Angiogenesis of Human Brain MECs and show Therapeutic Potential in a Mouse Model of Parkinson's Disease”的研究成果，通過蛋白質組學研究方法，發現了間充質干細胞衍生的外泌體可以通過增加ICAM1的表達來促人腦MECs血管生成，并減輕MPP+對細胞的損傷，***間充質干細胞...

通過蛋白質組學分析檢測了經M-Exos處理的HBMECs的改變。外泌體***了HBMECs，在0、24和48小時各種基因的表達增加(圖2A)。此外，熱圖分析揭示了不同表達的功能基因，包括與炎癥、細胞增殖、免疫調節和血管生成相關的因素(圖2B-E)。時序分析表明，HBMECs中標記基因的上調與炎癥因子IL3RA有關，增殖相關蛋白CD40和免疫調節因子TNFRSF10C(圖2F-H)。作者主要研究外泌體是否促進人腦微血管內皮細胞的血管生成能力，因此初步驗證了M-Exos***后血管生成相關基因的表達。蛋白質印跡結果顯示血管生成相關基因FlK1和ANGPT1的表達明顯增強(圖2I)。綜上所述，結果證...

iTRAQ標記定量蛋白組學研究方法：2021年4月，南京林業大學喻方圓教授（一作：吳岐奎）課題組在JournaloftheScienceofFoodandAgriculture期刊發表了題為“ProteomicanalysisofmetabolicmechanismsassociatedwithfattyacidbiosynthesisduringStyraxtonkinensiskerneldevelopment”的研究成果，通過轉錄組學+iTRAQ標記定量蛋白組學研究方法，分析東京野茉莉種子發育過程中脂肪酸生物合成相關基因的表達趨勢，確定油脂積累的主要影響因子并構建其調控網絡。為野茉莉屬植...

DIA蛋白組學：SAPHO綜合征是一種侵犯皮膚和骨骼的炎癥性疾病，其發病率低，表現形式多樣，診斷困難。2022年1月，由北京中醫藥大學課題組在J Proteomics.期刊發表的題為“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通過DIA蛋白組學研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白質組譜，為疾病診斷提供了潛在的生物標志物。同時作者發現補體系統抑制劑如CFH和C4BP在SAPHO綜合征中表達上調，這可能在SAPHO綜合征的發病機制中發揮重要作用。蛋白質組與代...

蛋白質組數據分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，FASN和SCD1）表達的趨勢，同時***上調了GLUT2。與對照組相比，AC***增加了PEPCK的表達，兩種化學物質對G6Pase均無***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗證測定結果與蛋白質組變化相一致，這進一步證實了蛋白質組學數據中蛋白質的表達（圖4B）。轉錄組學和蛋白質組學聯合分析結果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調，AC組和AL...

文章使用TMT標記定量蛋白質組學的方法，分析鑒定了差異表達的蛋白質，對下調的蛋白質進行基因本體論(GO)分析，顯示下調參與線粒體電子傳遞鏈（ETC）的途徑富集，證明了TM處理特別影響了具有較高細胞內銅水平的SOX2/OCT4+細胞中的線粒體ETC途徑。確定TM介導的銅依賴性線粒體復合物IV失活是SOX2/OCT4+群體中的主要代謝缺陷。研究結果確定了銅-代謝-轉移軸，并強調了其作為高危TNBC患者的下一代治療方法的潛力。蛋白質組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。蛋白質組學基本策略 研究基礎 研究內容 研究意...

通過蛋白質組學+轉錄組學研究方法，發現大黃素引發外泌體通過抑制代謝通路來減少肺泡巨噬細胞的活化和改善肺部炎癥的特征，探究了外泌體在參與炎癥相關***損傷中的重要作用，為大黃素可以通過減少胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化來減輕嚴重急性胰腺炎相關的急性肺損傷提供依據。中文標題：大黃素通過抑制胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化減輕嚴重急性胰腺炎相關的急性肺損傷研究對象：大鼠血漿外泌體發表期刊：ActaPharmaceuticaSinicaB影響因子：11.413發表時間：2021年10月合作單位：四川大學華西醫院運用生物技術：TMT標記定量蛋白組學（由歐易/鹿明生物提供技術支持）、轉錄組學蛋白組+代謝...