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單細胞蛋白組學研究方法：2020年9月，加州大學的MinnieM.Sarwal課題組在FrontiersinMedicine發表的題為“Near-Single-CellProteomicsProfilingoftheProximalTubularandGlomerulusoftheNormalHumanKidney”的研究成果，通過單細胞蛋白組學研究方法，分析正常人近端腎小管和腎小球區域的腎臟細胞，研究為解開急性和慢性腎臟疾病病因和腎臟亞細胞功能擾動提供依據。中文標題：正常人腎臟近端腎小管和腎小球的單細胞蛋白質組學分析研究對象：人體腎臟組織發表期刊：FrontiersinMedicine影響因...

蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學研究案例：2021年12月30日復旦大學附屬中山醫院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創新中心高大明研究員、復旦大學附屬中山醫院**教授課題組合作在Cancer Cell上發表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、微生物組學研究方法對262例肝內膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁...

蛋白質是生命活動的主要執行者，而蛋白質磷酸化修飾是生物體內**重要的共價修飾方式之一，真核生物體內有超過三分之一的蛋白可以發生磷酸化修飾。蛋白質的磷酸化和去磷酸化這一可逆過程調節著包括細胞增殖、發育、分化、信號轉導、細胞凋亡、神經活動、肌肉收縮及**發生等過程在內的所有生命活動。單一的磷酸化蛋白質組學只能解釋蛋白磷酸化水平發生的變化，而[黃金搭檔]——蛋白質組與磷酸化蛋白質組聯合分析，則在揭示疾病相關特性、篩選疾病生物標志物、尋找藥物靶點等方面發揮了更加重要的作用。蛋白質組學的特點蛋白質組和蛋白質組學的概念。江西蛋白組質譜和蛋白組學隨著美國臨床蛋白質組**分析項目（CPTAC）和中國人類蛋白質...

作者進行了綜合分析，將蛋白組學和代謝組學中的***生物標志物合并到通路分析中，并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉化、檸檬酸鹽循環和**酸代謝這幾種途徑。然后結合蛋白質和代謝標志物來預測DKD狀態。五種機器學習模型表明，組合模型提高了DKD預測的準確性和穩定性。圖中展示了RF的結果。總的來說，組合多組學標志物模型是一種強有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學結果表明，α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測DKD進展的潛在生物標志物。2.代謝組學結果表明，半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑，此外甘油-3-半乳糖苷可作為預測DKD的**標志物。3.蛋白組學和代謝組學...

本研究采用串聯質量標簽（TMT）標記的蛋白質組學和平行反應監測（PRM）技術，對蓮子脫水過程中的生理調控網絡進行了深入研究表明，碳水化合物代謝（包括糖酵解/糖異成、半乳糖代謝、淀粉和蔗糖代謝、磷酸戊糖途徑和細胞壁組織）、ER中的蛋白質加工、DNA修復和抗氧化事件對蓮種胎脫水有積極的反應。在蓮種胚脫水過程中，非酶促抗氧化劑和戊糖磷酸和維生素E作為主要的抗氧化劑，在脫水過程中維持荷花胚胎的REDOX平衡。這些結果為揭示荷花胚胎脫水保護機制的生理學調控網絡提供了酶途徑在抗氧化保護中起著主要作用。應激生理學檢測表明，H2O2是誘發氧化應激損傷的主要活性氧（ROS）成分，谷胱甘肽新的見解。蛋白組學，研究...

隨著質譜技術的飛速發展，特別是離子淌度的引入，增加了一個新的分離維度，將蛋白質組研究推進到全新的“4D蛋白質組”層面，打破了基于質譜的蛋白質組學研究的瓶頸，大幅度的提高掃描速度和檢測靈敏度，帶來蛋白質組學在鑒定深度、檢測周期、定量準確性等性能的***提升，可以更好的解決大隊列、復雜體系以及微量樣本的檢測。相比于timsTOF Pro，timsTOF Pro 2 配備了***一代雙TIMS分析器，離子容量可提高三倍。經過簡化的離子透鏡比較大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度，為4D-多組學建立了新的標準。CCS 值的加入讓組學結果更精細，也使timsTOF Pro 2成為轉化組學應用不可或缺的工具...

通過蛋白質組學+轉錄組學研究方法，發現大黃素引發外泌體通過抑制代謝通路來減少肺泡巨噬細胞的活化和改善肺部炎癥的特征，探究了外泌體在參與炎癥相關***損傷中的重要作用，為大黃素可以通過減少胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化來減輕嚴重急性胰腺炎相關的急性肺損傷提供依據。中文標題：大黃素通過抑制胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化減輕嚴重急性胰腺炎相關的急性肺損傷研究對象：大鼠血漿外泌體發表期刊：ActaPharmaceuticaSinicaB影響因子：11.413發表時間：2021年10月合作單位：四川大學華西醫院運用生物技術：TMT標記定量蛋白組學（由歐易/鹿明生物提供技術支持）、轉錄組學修飾蛋白質組...

單細胞蛋白組學研究方法：2020年9月，加州大學的MinnieM.Sarwal課題組在FrontiersinMedicine發表的題為“Near-Single-CellProteomicsProfilingoftheProximalTubularandGlomerulusoftheNormalHumanKidney”的研究成果，通過單細胞蛋白組學研究方法，分析正常人近端腎小管和腎小球區域的腎臟細胞，研究為解開急性和慢性腎臟疾病病因和腎臟亞細胞功能擾動提供依據。中文標題：正常人腎臟近端腎小管和腎小球的單細胞蛋白質組學分析研究對象：人體腎臟組織發表期刊：FrontiersinMedicine影響因...

通過蛋白質組學+轉錄組學研究方法，發現大黃素引發外泌體通過抑制代謝通路來減少肺泡巨噬細胞的活化和改善肺部炎癥的特征，探究了外泌體在參與炎癥相關***損傷中的重要作用，為大黃素可以通過減少胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化來減輕嚴重急性胰腺炎相關的急性肺損傷提供依據。中文標題：大黃素通過抑制胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化減輕嚴重急性胰腺炎相關的急性肺損傷研究對象：大鼠血漿外泌體發表期刊：ActaPharmaceuticaSinicaB影響因子：11.413發表時間：2021年10月合作單位：四川大學華西醫院運用生物技術：TMT標記定量蛋白組學（由歐易/鹿明生物提供技術支持）、轉錄組學蛋白組+代謝...

運用生物技術：TMT標記定量蛋白質組學、PRM蛋白靶向驗證由鹿明生物提供技術支持：2021年12月，上海交通大學張荻課題組在Frontiers in Plant Science發表題為 TMT-Based Quantitative Proteomic Analysis Reveals the Physiological Regulatory Networks of Embryo Dehydration Protection in Lotus(Nelumbo nucifera)的研究成果，通過TMT標記蛋白質組學和平行反應監測蛋白靶向驗證(PRM)技術研究方法，構建了蓮花胚胎脫水保護的生理調控網...

蛋白質組數據分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，FASN和SCD1）表達的趨勢，同時***上調了GLUT2。與對照組相比，AC***增加了PEPCK的表達，兩種化學物質對G6Pase均無***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗證測定結果與蛋白質組變化相一致，這進一步證實了蛋白質組學數據中蛋白質的表達（圖4B）。轉錄組學和蛋白質組學聯合分析結果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調，AC組和AL...

iTRAQ蛋白質組學研究實用案例：2021年8月，浙江大學藥學院何俏軍、羅沛華團隊在Autophagy期刊發表了題為“Autophagic degradation of CCN2 (cellular communication network factor 2) causes cardiotoxicity of sunitinib”的研究成果，通過動物模型、功能實驗、iTRAQ蛋白質組學等研究方法，發現了舒尼替尼誘導的自噬導致心肌細胞凋亡和心臟功能障礙，探究了舒尼替尼誘導的適應不良自噬通過TOLLIP介導的內體相關通路選擇性降解心肌細胞存活介質CCN2的機理，揭示了調節心肌細胞死亡的自噬降解新...

蛋白組學研究實用案例：東南大學醫學院院長劉必成教授領導的腎臟病研究所在Science advances期刊發表了題為“Extracellular vesicle–encapsulated IL-10 as novel nanotherapeutics against ischemic AKI"的研究成果，通過蛋白組學+多層組學研究方法，建立IL-10細胞囊泡高表達模型的構建，提出并驗證了IL-10細胞外囊泡的靶向缺血性腎損傷的假說，探究了IL-10細胞外囊泡作為新型納米藥物的機理。中文標題：細胞外囊泡包裹的IL-10作為抗缺血性急性腎損傷的新型納米療法研究方向：新藥研發及其機制研究發表期刊：S...

文章使用TMT標記定量蛋白質組學的方法，分析鑒定了差異表達的蛋白質，對下調的蛋白質進行基因本體論(GO)分析，顯示下調參與線粒體電子傳遞鏈（ETC）的途徑富集，證明了TM處理特別影響了具有較高細胞內銅水平的SOX2/OCT4+細胞中的線粒體ETC途徑。確定TM介導的銅依賴性線粒體復合物IV失活是SOX2/OCT4+群體中的主要代謝缺陷。研究結果確定了銅-代謝-轉移軸，并強調了其作為高危TNBC患者的下一代治療方法的潛力。蛋白質組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。蛋白質組學測序 蛋白組學技術缺點。浙江口腔蛋白...

2022年2月，亞特蘭大埃默里大學醫學院的Erik C. B. Johnson課題組在Nature neuroscience發表了題為 “Large-scale deep multi-layer analysis of Alzheimer’s disease brain reveals strong proteomic disease-related changes not observed at the RNA level”的研究成果，通過基因組學、轉錄組學、TMT標記定量蛋白質組學、代謝組學的研究方法，揭示了新的與AD相關的蛋白共表達模塊，部分模塊在RNA的網絡中不存在。這為開發疾病***...

作者通過泛素化蛋白組學分析鑒定了茶樹作根中的泛素化蛋白質。中文標題：氮調節茶樹根中茶氨酸和黃酮類化合物的生物合成：多組學分析揭示的蛋白質水平調節研究對象：茶樹根發表期刊：JournalofAgriculturalandFoodChemistry影響因子：5.279發表時間：2021年9月1日發表單位：安徽農業大學運用生物技術：TMT蛋白質組學、泛素化蛋白質組學(其中部分數據分析由鹿明生物提供技術支持)。本文分析了氮缺乏下茶樹根部的茶氨酸和黃酮類代謝，通過蛋白質組和泛素化蛋白質組結合轉錄組數據探索了調節機制。本文的多組學數據整合分析思路值得借鑒。修飾蛋白質組試劑及服務，蛋白質組學解決方案。江蘇光...

蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學研究案例：2021年12月30日復旦大學附屬中山醫院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創新中心高大明研究員、復旦大學附屬中山醫院**教授課題組合作在Cancer Cell上發表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、微生物組學研究方法對262例肝內膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁...

DIA蛋白組學：SAPHO綜合征是一種侵犯皮膚和骨骼的炎癥性疾病，其發病率低，表現形式多樣，診斷困難。2022年1月，由北京中醫藥大學課題組在J Proteomics.期刊發表的題為“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通過DIA蛋白組學研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白質組譜，為疾病診斷提供了潛在的生物標志物。同時作者發現補體系統抑制劑如CFH和C4BP在SAPHO綜合征中表達上調，這可能在SAPHO綜合征的發病機制中發揮重要作用。蛋白組學近期...

使用TMT標記定量蛋白質組學分析，與GFP-群體相比，在GFP+細胞中TM處理后，線粒體復合物IV的多個亞基被特異性下調，對下調的蛋白質進行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時作者還分析了從人 LM2 細胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細胞，在 TM 處理 48 小時后蛋白組學分析，揭示了GFP+細胞優先富集，同時揭示了線粒體 ETC 相關的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細胞內銅水平的 SOX2/OCT4+ 細胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒...

蛋白質組學研究方法研究案例：2021年10月，中國科學院上海營養與健康研究所武愛波研究員課題組在Ecotoxicology and Environmental Safety發表了題為“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果，通過轉錄組學和蛋白質組學研究方法，探究了脫氧雪腐鐮刀菌烯醇（DON）對成肌細胞分化的影響，發現了DON處理使得細胞骨架蛋白和細胞外...

蛋白組學研究實用案例：東南大學醫學院院長劉必成教授領導的腎臟病研究所在Science advances期刊發表了題為“Extracellular vesicle–encapsulated IL-10 as novel nanotherapeutics against ischemic AKI"的研究成果，通過蛋白組學+多層組學研究方法，建立IL-10細胞囊泡高表達模型的構建，提出并驗證了IL-10細胞外囊泡的靶向缺血性腎損傷的假說，探究了IL-10細胞外囊泡作為新型納米藥物的機理。中文標題：細胞外囊泡包裹的IL-10作為抗缺血性急性腎損傷的新型納米療法研究方向：新藥研發及其機制研究發表期刊：S...

作者通過泛素化蛋白組學分析鑒定了茶樹作根中的泛素化蛋白質。中文標題：氮調節茶樹根中茶氨酸和黃酮類化合物的生物合成：多組學分析揭示的蛋白質水平調節研究對象：茶樹根發表期刊：JournalofAgriculturalandFoodChemistry影響因子：5.279發表時間：2021年9月1日發表單位：安徽農業大學運用生物技術：TMT蛋白質組學、泛素化蛋白質組學(其中部分數據分析由鹿明生物提供技術支持)。本文分析了氮缺乏下茶樹根部的茶氨酸和黃酮類代謝，通過蛋白質組和泛素化蛋白質組結合轉錄組數據探索了調節機制。本文的多組學數據整合分析思路值得借鑒。蛋白組學專業客服在線為您答疑 。江西定量蛋白組學 ...

隨著美國臨床蛋白質組**分析項目（CPTAC）和中國人類蛋白質組計劃(CNHPP)等大型蛋白質組學研究計劃的推進，發表了一系列**的大規模人群多組學分析文章[2,3]。這些高分文章通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、代謝組學、微生物組學等技術，在上百例的病例樣本中***表征了某種**的分子特征。對比這些文章，可以發現蛋白質組學數據在多組學數據分析中逐漸成為**結果，且蛋白質組學數據分析有些共同特點，即：1）基于蛋白質組進行**分子分型2）分析不同亞型患者的臨床特征3）免疫、代謝、突變、微生物等**領域研究熱點在不同亞型中的差別分析4）篩選亞型特征分子作為預后標志物或潛在的藥靶...

2022年2月，亞特蘭大埃默里大學醫學院的Erik C. B. Johnson課題組在Nature neuroscience發表了題為 “Large-scale deep multi-layer analysis of Alzheimer’s disease brain reveals strong proteomic disease-related changes not observed at the RNA level”的研究成果，通過基因組學、轉錄組學、TMT標記定量蛋白質組學、代謝組學的研究方法，揭示了新的與AD相關的蛋白共表達模塊，部分模塊在RNA的網絡中不存在。這為開發疾病***...

采用RNA-Seq轉錄組學分析和DIA蛋白質組學分析，研究了AC和AL對db/db小鼠的影響。轉錄組分析共鑒定出16812種不同的蛋白質編碼轉錄本。其中，2837個（約16.9%）在正常組和對照組之間有***差異，表明db/db小鼠在轉錄水平上與野生型小鼠***不同。與對照組相比，共有3749個基因因攝入AC而發生***改變（2201個下調，1548個上調），560個基因（430個下調，130個上調）因攝入AL而發生***改變（圖3B）。DIA蛋白質組學分析鑒定出2729種蛋白質。正常組和對照組之間共發現1059個（約占總鑒定蛋白質的38.8%）DEPs，AC處理有230個蛋白質發生***變化...

作者進行了綜合分析，將蛋白組學和代謝組學中的***生物標志物合并到通路分析中，并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉化、檸檬酸鹽循環和**酸代謝這幾種途徑。然后結合蛋白質和代謝標志物來預測DKD狀態。五種機器學習模型表明，組合模型提高了DKD預測的準確性和穩定性。圖中展示了RF的結果。總的來說，組合多組學標志物模型是一種強有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學結果表明，α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測DKD進展的潛在生物標志物。2.代謝組學結果表明，半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑，此外甘油-3-半乳糖苷可作為預測DKD的**標志物。3.蛋白組學和代謝組學...

使用TMT標記定量蛋白質組學分析，與GFP-群體相比，在GFP+細胞中TM處理后，線粒體復合物IV的多個亞基被特異性下調，對下調的蛋白質進行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時作者還分析了從人 LM2 細胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細胞，在 TM 處理 48 小時后蛋白組學分析，揭示了GFP+細胞優先富集，同時揭示了線粒體 ETC 相關的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細胞內銅水平的 SOX2/OCT4+ 細胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒...

通過蛋白質組學質譜鑒定、PRM靶向鑒定、iTRAQ標記定量蛋白組學等研究方法，發現了N-豆蔻酰化在肝臟**發生中發揮重要作用，揭示了NMT1的N-豆蔻酰化抑制抗**發生的NDP，并通過干擾泛素化來刺激促**發生的NUP機制。為靶向N-豆蔻酰化和NMT1可能有助于***肝*提供了理論依據。中文標題：NMT1依賴于POTEE發生N-豆蔻酰化并通過差異調節靶標的泛素化來刺激肝臟**的發生研究對象：細胞、小鼠、人**組織發表期刊：FrontiersinOncology影響因子：6.244發表時間：2021年5月合作單位：上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心運用生物技術：iTRAQ標記定量蛋白組學、P...

4D蛋白組學：tims TOF Pro2依賴于雙捕集離子淌度（TIMS）和同步累積連續碎裂（PASEF）數據采集模式兩大創新技術，可實現快速采集、更高的靈敏度和特異性。同時，其配備了***一代雙 TIMS 分析器，離子容量可提高三倍，比較大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度，讓蛋白質組學分析再上一個新的臺階，鹿明生物同時配備了Evosep One高通量色譜使其在短梯度下也能實現蛋白深度覆蓋，結果更精細，也成為轉化組學應用不可或缺的工具。更高掃描速度：助力臨床大隊列項目研究，更高覆蓋深度：助力蛋白組鑒定到更多的蛋白數量，超高靈敏度：助力微量樣本蛋白組分析，鑒定更可信：助力蛋白或化合物更高可信度的鑒...

蛋白質組學技術研究案例：作為一種常見的******，脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)在田間或加工和儲存過程中會污染谷物和飼料。DON在動物中會引起厭食和生長遲緩在內的一系列不良反應。本文作者使用轉錄組學和蛋白質組學技術對鼠C2C12細胞進行了研究，分析DON對成肌細胞分化的影響。研究結果表明，DON通過下調細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路來影響成肌細胞的分化。本文研究體現了組學技術在機制研究中的重要作用。中文標題：霉菌***脫氧雪腐鐮刀菌烯醇通過下調細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路影響成肌細胞分化研究對象：脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、C2...