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杭州動物靶向代謝組學質(zhì)譜鑒定

來源: 發(fā)布時間:2022-01-08

代謝組學概念:基因與蛋白質(zhì)的表達緊密相連,而代謝物則更多地反映了細胞所處的環(huán)境,這又與細胞的營養(yǎng)狀態(tài),藥物和環(huán)境污染物的作用,以及其它外界因素的影響密切相關(guān)。因此有人認為,“基因組學和蛋白質(zhì)組學告訴你什么可能會發(fā)生,而代謝組學則告訴你什么確實發(fā)生了。”代謝組學的概念來源于代謝組,代謝組是指某一生物或細胞在一特定生理時期內(nèi)所有的低分子量代謝產(chǎn)物,代謝組學則是對某一生物或細胞在一特定生理時期內(nèi)所有低分子量代謝產(chǎn)物同時進行定性和定量分析的一門新學科。它是以組群指標分析為基礎(chǔ),以高通量檢測和數(shù)據(jù)處理為手段,以信息建模與系統(tǒng)整合為目標的系統(tǒng)生物學的一個分支。代謝組學的研究介于基因、蛋白質(zhì)和細胞、組織之間。杭州動物靶向代謝組學質(zhì)譜鑒定

GC-MS非靶向代謝組學能檢測到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測分析范圍。GC/MS能檢測到有機酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準確度?GC/MS的定性有雙重標準,一是保留指數(shù),二是質(zhì)譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強且穩(wěn)定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進一步碎裂產(chǎn)生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實際指紋圖譜和質(zhì)譜庫(如NIST庫)進行比對后,我們將會得到一個叫相似度的指標。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設(shè)定的閾值,軟件才會給出色譜峰的定性結(jié)果。然后采用標準品質(zhì)譜信息進行完全比對定性,也就是說只有經(jīng)過標準品比對,代謝物才是被100%定性。杭州動物靶向代謝組學質(zhì)譜鑒定代謝組學技術(shù)可應用于病因病機研究。

什么是非靶向代謝組學、靶向代謝組學?(1) 非靶向代謝組學(Untargeted metabolomics)即非目標代謝組學或發(fā)現(xiàn)代謝組學,無偏向性地對所有小分子代謝物(一般相對分子量小于1000)同時進行檢測分析的代謝組學。(2) 靶向代謝組學(Trgeted metabolomics)則為目標性代謝組學,著重對于設(shè)定好的目標代謝物進行定性、量檢測分析和研究。相比于其他組學,代謝組學有哪些特殊的優(yōu)勢?系統(tǒng)生物學有基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、蛋白組學和代謝組學。代謝組學作為系統(tǒng)生物學的一個重要的分支,與其他組學相比有著其特有的優(yōu)勢,主要體現(xiàn)在以下幾點:(1) 基因與蛋白質(zhì)表達的微小變化會在相應代謝物水平上得到放大,更容易被檢測。(2) 代謝物的種類要遠小于基因和蛋白的數(shù)目。(3) 可與生物表型變化建立直接相關(guān)性。

代謝組學的研究分為靶向和非靶向。通俗說就是你有沒有目標分子。傳統(tǒng)代謝組學研究利用的是GC-MS,因為代謝物大多數(shù)都不是高沸點的,而且GC-MS有龐大的數(shù)據(jù)庫檢索。然后發(fā)展的LC-MS差不多,就是克服了一些高沸點物質(zhì)難以檢測的弊端。NMR用于代謝組學不是很多,一方面是NMR這個東西入行起點有點高,另一方面是樣品太復雜而且靈敏度不高。但是NMR樣品處理簡單,無損。不需要各種衍生化。而且NMR對于物質(zhì)結(jié)構(gòu)的指認要比MS更精確(比如異構(gòu)體)因此對定性非常有用,成為非靶向代謝組學的重要方法。代謝組學是系統(tǒng)生物學的組成部分。

代謝組學尿液樣本收集:1)取空腹晨尿、中段尿(臨床)或晨間1 h尿(動物)于50 mL離心管中;2)4 ℃ 下10000 rpm離心10 min取上清,用1.5 mL離心管分裝,保存于-80 ℃。3)動物1 h尿量不夠的情況下,可分多次收集尿液;如需收取24 h尿液,需要使用帶低溫裝置的代謝籠收集,并且及時凍存樣本。4)收集完尿液樣本后,建議使用液氮淬滅15 min后,再分裝多管后于-80 ℃凍存。組織樣本收集:動物組織(包括腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉和皮膚等;軟體動物如血吸蟲):1)取適量組織,用預冷的PBS緩沖液或生理鹽水清洗干凈;2)迅速剝?nèi)シ潜匦璧闹竞徒Y(jié)締組織,再用PBS緩沖液或生理鹽水沖洗干凈;3)用干凈的無塵吸水紙吸干水分,將組織分成50-100 mg / 管分裝待用;4)管子上做好標記后迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min,-80 ℃凍存;干冰運輸。靶向代謝組學著重對于設(shè)定好的目標代謝物進行定性、量檢測分析和研究。上海常規(guī)靶向代謝組學分析研究

代謝組學的研究處于生物信息流的中游。杭州動物靶向代謝組學質(zhì)譜鑒定

代謝組學在系統(tǒng)生物學中有什么作用?它的地位如何?代謝物作為生物體表型的基礎(chǔ)能夠幫助我們更直觀有效地了解生命現(xiàn)象揭示生命本質(zhì)。代謝組學本質(zhì)上是指從整體上研究生物體的代謝物,是對某一生物、組織或細胞中的所有低分子量代謝產(chǎn)物進行定性與定量分析的一門科學。代謝組學以指標分析為基礎(chǔ),高通量檢測為手段,通過研究生物體內(nèi)代謝物的種類與數(shù)量及其變化規(guī)律來闡述機體在正常生命狀態(tài)及環(huán)境變化后的代謝過程。代謝組是系統(tǒng)生物學的分支學科之一。其研究內(nèi)容主要包括對代謝物進行定性或定量分析,不同基因型的生物體進行代謝組學表型研究,不同生長環(huán)境及加物理、化學或生物性刺激后個體代謝產(chǎn)物的應答,進行代謝途徑或代謝網(wǎng)絡(luò)解析與轉(zhuǎn)基因評價。杭州動物靶向代謝組學質(zhì)譜鑒定

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