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農學靶向代謝組學分析

來源: 發布時間:2022-04-24

代謝組學樣品收集方法及所需樣本量是什么?根據不同的檢測要求,需要配合不同的樣本量和樣本采集方法,常規的方法和單個樣本量如下:(1) 微生物和細胞樣本:細胞迅速猝滅細胞并冷凍保存;單個樣本細胞數量要求10^6。(2) 動物體液(如尿、血、組織、唾液):采樣后要迅速預處理,如加入抗凝血劑、防腐劑,并立即冷凍處理(-80 ℃);單個樣本要求體積為10μL。(3) 植物樣本:采集后迅速冷凍(液氮),然后轉入-80℃保存,單個樣本要求質量為50mg。代謝組學是效仿基因組學和蛋白質組學的研究思想。農學靶向代謝組學分析

靶向代謝組學的一般分析流程為:1. 數據采集 第1步是得到標準品。如果無法從市場上買到,就必須定制合成。然后通過優化產物離子碰撞能量以得到的信號,再通過測定三重串聯四極桿測定代謝物的 MRM 躍遷值。2. 定量 接下來用定量分析軟件對 MRM 數據進行處理,得到報告。3. 統計分析和解釋 將定量報告輸入統計分析軟件包,用統計工具,如ANOVA,對數據進行處理。靶向分析:在基于質譜的代謝組學分析中,要意識到離子強度和色譜保留時間都會隨著時間的推移而產生漂移,所以在實驗中,要按隨機順序對樣本進行檢測,且數據需要在同天同一批次進行采集,以減少誤差。南京代謝組學應用代謝組學是系統生物學的組成部分。

非靶向代謝組學:非靶向代謝組學是將生物體所有內源性代謝物作為研究目標(廣篩),重點在于比較實驗組和對照組,發現尋找其種具有明顯的變化的代謝物質(差異代謝物),并構建代謝通路以解釋代謝物于該生命體的關聯。LC-MS非靶向代謝組的優勢:1、分析范圍廣,MS幾乎可以檢測所有的化合物,更加容易地解決了分析熱不穩定化合物的難題;2、分離能力強,即使被分析混合物在色譜上沒有完全分離開,但通過MS的特征離子質量色譜圖也能分別給出它們各自的色譜圖來進行定性定量。

靶向代謝組學:靶向代謝組學分析主要是以標準品為參照,對特定的代謝物群進行有針對性地、特異性地檢測與分析。通常采用的技術方案包括常規的液質聯用(LC-MS)分析技術和選擇性反應/多反應監測技術(MRM/ SRM)。常規分析法首先利用LC-MS的方法對待分析樣本進行大規模代謝組分析,然后通過與相同分析條件下標準品的分析結果進行比對,實現對樣本內目標代謝群的定性和定量分析。MRM/SRM技術是基于已知或假定的反應離子信息,有針對性地選擇數據進行質譜信號采集,對符合規則的離子對進行信號記錄,去除不符合規則離子信號的干擾。定量過程中,該技術首先篩選到目標代謝物特異性的母離子,然后選擇性地對這些母離子進行碰撞誘導,去除其他離子的干擾,只對選定的特異MS/MS2離子進行質譜信號的采集,從而實現對目標代謝分子更為特異、靈敏、準確的分析。代謝組學在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用。

代謝組學研究方法:代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似,通常有兩種方法。一種方法稱作代謝物指紋分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色譜-質譜聯用(LC-MS)的方法,比較不同血樣中各自的代謝產物以確定其中所有的代謝產物。從本質上來說,代謝指紋分析涉及比較不同個體中代謝產物的質譜峰,然后了解不同化合物的結構,建立一套完備的識別這些不同化合物特征的分析方法。另一種方法是代謝輪廓分析(metabolomic profiling),研究人員假定了一條特定的代謝途徑,并對此進行更深入的研究。代謝組學的研究對象與層次有哪些?濟南個性化定制靶向代謝組學

代謝組學先進分析檢測技術結合模式識別和**系統等計算分析方法是代謝組學研究的基本方法。農學靶向代謝組學分析

代謝組學概念:代謝組學(metabonomics/metabolomics)是效仿基因組學和蛋白質組學的研究思想,對生物體內所有代謝物進行定量分析,并尋找代謝物與生理病理變化的相對關系的研究方式,是系統生物學的組成部分。其研究對象大都是相對分子質量1000以內的小分子物質。先進分析檢測技術結合模式識別和**系統等計算分析方法是代謝組學研究的基本方法。 代謝組學是繼基因組學和蛋白質組學之后新近發展起來的一門學科,是系統生物學的重要組成部分。基因組學和蛋白質組學分別從基因和蛋白質層面探尋生命的活動,而實際上細胞內許多生命活動是發生在代謝物層面的,如細胞信號釋放(cell signaling),能量傳遞,細胞間通信等都是受代謝物調控的。代謝組學正是研究代謝組(metabolome)——在某一時刻細胞內所有代謝物的組合——的一門學科。農學靶向代謝組學分析