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河南全長轉錄學組分析方法

來源: 發布時間:2022-04-17

RNA-Seq轉錄組學的應用:RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數據自己進行后續的生信分析(質控,mapping,差異基因表達分析,SNV分析等)。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,不同組織:研究基因在不同部分的表達情況。同一物種,同一組織:研究基因在不同處理下,不同條件下的表達變化。同一組織,不同物種:研究基因的進化關系。RNA-Seq,是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法:首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集,然后反轉錄為 cDNA后進行的新一代高通量測序,在此基礎上進行片段的拼接組裝,從而可得到一個個的轉錄本,進而可以形成對該生物樣品當前發育狀態的基因表達狀況的全局了解。以DNA為模板合成RNA的轉錄過程是基因表達的第一步,也是基因表達調控的關鍵環節。河南全長轉錄學組分析方法

轉錄組學(Transcriptomics),是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科,從RNA水平研究基因的表達情況。轉錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態下的幾乎所有的轉錄本及基因序列,可以用來研究基因表達量、基因功能、結構、可變剪接和預測新的轉錄本等等。轉錄組(transcriptome),是指特定生長階段某組織或細胞內所有轉錄產物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。北京mRNA-seq轉錄組學服務轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析?

什么是轉錄組測序?轉錄組廣義上指在某一生理條件下,細胞內所有轉錄組產物的組合,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狹義上指所有mRNA的組合。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和ncRNA。轉錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。普通轉錄組測序適用于哪些情況?普通轉錄組測序主要適用于兩大類:一是不同的生長階段或者發育過程;二是不同的環境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。

轉錄組學:轉錄組學是研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態下所轉錄出所有RNA的學科,轉錄組測序是指利用高通量測序方法,研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態下所轉錄出的所有mRNA,用于揭示不同功能狀態下的基因表達、結構的差異,闡明分子機制。應用領域:醫學研究:疾病標志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復發診斷、病因與病理機制探究、臨床療效評價、藥物毒理學評價。生命科學研究:非生物環境關系研究、植物與微生物、在表型鑒定中的應用、代謝途徑及功能基因組研究、藥用植物研究中的應用。普通轉錄組學測序適用于哪些情況?

轉錄組學的概念:轉錄組是指特定組織或細胞在某一發育階段或功能狀態下轉錄出來的所有RNA的匯合,包括蛋白質編碼的信使RNA和非編碼RNA(rRNA、tRNA和其他ncRNAs),高通量測序技術也被稱為下一代測序(NGS)技術,推進了基因組學的研究進展。該項新技術除了研究靜態基因組,近年來也開始應用于動態轉錄分析,由此衍生的技術稱為RNA序列分析(RNA-seq)隨著DNA基因芯片技術的快速發展,開創了這個病癥近十年的高通量轉錄組研究。RNA-Seq技術可以從轉錄水平檢測瘤中的改變基因。通過相關軟件分析,鑒定相關改變基因在瘤發生的發展中所起的作用。然后經過刷選,進一步挑選出相關靶基因進行實驗研究,有望為瘤的基因醫治提供新的靶點。轉錄組學可應用于炎癥發生機制的發現及干預。北京mRNA-seq轉錄組學服務

轉錄組學可以對任意物種進行全基因組分析。河南全長轉錄學組分析方法

RNA-Seq轉錄組學技術優勢:RNA-seq技術可以檢測到低水平表達、未識別的轉錄子和新拼接亞型基因。另一方面,與基因芯片相比,RNA-Seq有一個更廣的檢測動態范圍,可以研究編碼和非編碼RNA,更易于基因網絡的構建、發現選擇性剪切轉錄物,檢測到等位基因的具體表達方式,也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中,一個主要優勢是可以分析整個轉錄序列,而不是有限制數量的基因,并且,研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的,他們可以相互結合使用,產生更多的生物學上重要的信息。河南全長轉錄學組分析方法