使用標準海運冷藏集裝箱的時候，要注意在冷藏箱裝滿貨之后檢查一些原有的質量，這樣才會確保質量是合格的。在裝箱的過程中，要按照裝貨堆碼的原則，這樣才可以更好的避免冷風短路降溫的情況，從而可以提高制冷設備的制冷效果。
使用要求：
冷凍貨長距離運輸時，箱內設定溫度與設定溫度差不能超過3℃。若運送冷卻貨，其溫度誤差應不大于0.5℃，好不大于0.25℃。
集裝箱運送新鮮水果、蔬菜等，應及時打開新風口，進行通風換氣。但運送冷凍貨時，應關閉新風口。
在運送紙盒包裝的冷卻貨時，應根據室外氣溫及濕度情況，及時進行通風，保持箱內空氣的干燥，防止包裝箱外表面凝露。

冷藏集裝箱的使用要求：
冷藏箱裝貨后應檢查冷藏或冷凍貨的原有質量，并在貨單上加以說明。
在裝箱過程中，應嚴格裝貨堆碼原則，避免冷風短路造成降溫不平衡，降冷裝置的制冷效率。

機械式冷藏集裝箱也有一些缺點：如設備復雜、初始投資大、維修費用高；箱內溫度梯度要大于液氮冷藏集裝箱；箱內需設風機、風道系統，會增加箱內貨物的干耗、脫水。

機械式冷藏集裝箱是指設有制冷裝置（如壓縮式制冷機組、吸收式制冷機組等）的冷藏集裝箱。機械式冷藏集裝箱是技術為成熟、應用為廣泛的冷藏集裝箱，與其他冷藏集裝箱相比，它具有以下優點：