將待測DNA經過亞硫酸鹽處理，通過PCR擴增過程引入T7啟動子序列，經T7DNA聚合酶的體外轉錄過程得到各樣本RNA產物，經堿基特異性酶切處理，得到RNA小片段，并用飛行質譜檢測每個片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數據的自動化處理并報告每個檢測片段的甲基化程度。技術優勢·檢測片段長：擴增片段長度可達500bp·高靈敏度：可發現低至5%甲基化水平，樣本起始量低至10ng?！ぶ貜托院茫鹤儺愊禂礐V≤5%?！じ咝詢r比：用384孔板進行PCR反應，一個擴增產物可以進行多重CpG位點分析，無需后續驗證，可直接用于文章發表。服務內容1.根據客戶提供的序列信息進行預評估；2.進行樣本DNA的分離、純化、質檢及亞硫酸鹽修飾。3.使用特殊設計的一對引物擴增樣本，得到帶有T7RNA聚合酶啟動子序列的擴增產物。4.在體外轉錄體系中，利用T7RNA聚合酶，將擴增產物轉錄為RN**斷。5.利用RNaseA能夠特異性識別并切割RNA中U3’端的特性，將RN**斷切割成攜帶有CpG位點的小片斷。6.使用sequenom®MassArray飛行質譜分析系統檢測產物。由于同一片斷中，只有CpG和CpA之間16Da的分子量差別，即質譜圖中兩者峰的差距。 甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環。陜西MeDIP-Seq技術服務服務
DNA甲基化異常用于甲狀腺結節診斷
Identification of
Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin
Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=
10.199)
惡性結節和良性結節常常難以診斷。本課題通過RRBS檢測了109個甲狀腺組織的DNA甲基化，發現*旁、良性結節和*組織之間存在***差異，并在65個甲狀腺結節的回顧性隊列樣本中得到驗證。這些組織特異性DMR與活性增強子和**相關基因密切相關，表明DNA甲基化為甲狀腺結節提供準確的診斷。 山東RIP-seq技術服務活動850K芯片為半金標準，價格低，分析簡單，較為適合EWAS類型的課題。
全基因組甲基化測序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術相結合，對有參考基因組進行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測序，是DNA甲基化檢測的“金標準”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關聯分析、基因調控分析、疾病的甲基化標志物篩選等探索性課題的研究。技術優勢DNA甲基化檢測**有力的工具單堿基分辨率，檢測每個C堿基的甲基化狀態全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數據質控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析，結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘。
DNA甲基化是在DNA甲基化轉移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過程，剛被發現時被定義為第五種堿基，實際上它是一種重要的表觀遺傳學標記，在調控基因表達、維持染色質結構、基因印記、X染色體失活以及胚胎發育等生物學過程中發揮著重大的作用，它就像魔術師手中一頂**神奇的“帽子”，帶給世人層出不窮的驚喜。DNA甲基化的發生、保持和去除都處在生物體精細的調控中，一旦發生紊亂，對于動物而言將導致胚胎死亡或者**等重大疾病，對于植物而言將會出現各種的表型缺陷，那么這頂神奇的“帽子”是如何發揮它神奇功用的呢？這個問題成為整個生物界**熱的研究焦點之一。研究者們從DNA甲基化的發生機制，保持機制到去甲基化機制，從基因組甲基化狀況研究到特異位點甲基化狀況研究，從**初CpG位點的研究到non-CpG位點的研究，從高甲基化研究到低甲基化、未甲基化研究，以及與其密切相關的羥甲基化也慢慢進入人們的視野，***多角度解析DNA甲基化。在Nature、Science、Cell等**雜志上經常能看到它熟悉的身影，說它是生物學研究的“寵兒”一點都不為過。正所謂“工欲善其事，必先利其器”。 WGBS技術及應用是有力方案。
cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；保存期間不能凍融。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上，不超過8小時，進行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機，也可以在室溫條件下進行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 甲基化驗證方案是TBS。北京單細胞測序技術服務共同合作
在哺乳動物中CpG以兩種形式存在。陜西MeDIP-Seq技術服務服務
微生物定植對腸道免疫和代謝相關基因DNA甲基化的影響——團隊成員發表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我們以早產幼豬為模型，采用RRBS測序，比較正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產豬的腸道DNA甲基化差異，發現***減少了細菌密度及多樣性，同時改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應答、吞噬、內皮穩態和組織代謝等相關基因的DNA甲基化和表達存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調控腸道免疫及營養代謝等，可能對早產兒的短期和長期的腸道健康至關重要。 陜西MeDIP-Seq技術服務服務