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山西空間轉錄組價格

來源: 發布時間:2021-11-24

空間轉錄組技術作為當今前沿的科研技術,相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。由上海歐易生物醫學科技有限公司(以下簡稱“歐易生物”)主辦的“空間轉錄組學培訓班”落下帷幕。培訓中,歐易講師團隊以其豐富的項目經驗及專業的生信能力,從空間轉錄組學的發展歷程、測序原理、實驗實操及數據挖掘等多維度,向遠道而來的學員們展開了系統性的培訓。


Science發表了將組織擴展和原位RNA測序結合起來的新型空間轉錄組技術ExSeq。山西空間轉錄組價格

轉錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉錄本來獲取,目前已有多種技術策略被開發報道, 如空間轉錄組技術(Spatial Transcriptomics,ST)和 Visium 技術,通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上,來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉錄本,并獲取全轉錄組水平的基因表達及位置信息。一些無需成像即可計算重建空間基因表達模式所需信息的技術也被開發了出來,其中之一就是是 DNA 顯微技術,它記錄 cDNA 之間的接近度,該信息可用于重建轉錄本之間的相對位置。河南10x空間轉錄組空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失。

空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術,與bulk RNA-seq或單細胞轉錄組測序相比,空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失,使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內部的空間位置信息。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點,近年來關于空間轉錄組無論是在技術開發,還是大規模應用或商業化,都得到蓬勃發展。例如2019年4月,Science發文通過空間轉錄組揭示ALS(肌萎縮側索硬化癥,又稱漸凍癥)分子病理的時空動態;2019年8月,Nature在線發表了景乃禾團隊解析小鼠早期胚胎細胞的時空表達數據;2020年9月,Cell上發表了一篇利用空間轉錄組解析人鱗狀細胞*的文章;2021年1月,Science發表了將組織擴展和原位RNA測序結合起來的新型空間轉錄組技術ExSeq;2021年4月,10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉錄組商業化解決方案。

當前的技術主要有四種策略:1、基于組學實驗結合空間重建的計算策略。這種計算方法可以充分利用內在基因表達模式或共表達的趨勢,從單個細胞的大量轉錄組數據中重構細胞間的環境。然而,這些推論方法在某些情況下*呈現空間趨勢或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測序結合的策略。基于LCM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組,盡管其通量很低,但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前,將少量細胞的數據粗略地整合到構成***的巨大背景中,可能具有一定價值。3、基于熒光物質原位的轉錄組學。基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區域,但也存在一些問題,例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。4、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序。費用較高且無法在單個細胞中獲得轉錄組。空間轉錄組的組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序,記錄切片的轉錄本信息和空間位置信息 。

空間基因表達技術能夠在保留空間背景信息的同時,多方位測量轉錄組譜。然而,現有的分析方法并沒有解決技術分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發了BayesSpace,這是一種完全貝葉斯統計方法,它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉錄組數據的分辨率并進行聚類分析。BayeSpace通過使用的Bioconductor SingleCellExperiment數據結構將預處理數據作為輸入,無縫集成到空間轉錄組分析工作流中,輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中,該對象可用于下游分析。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術,從而解析單個組織切片中的所有mRNA。湖北歐易生物空間轉錄組多少錢

早期空間轉錄組學的另一條發展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選。山西空間轉錄組價格

10xVisium空間轉錄組技術原理為將新鮮冷凍的組織切片,置于文庫制備載玻片上,經過固定、染色和透化后,釋放出mRNA,mRNA與空間條形碼捕獲探針相結合,從而捕獲基因表達信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進行測序,并對數據進行可視化分析。空間轉錄組技術作為當今**前沿的科研技術,相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。山西空間轉錄組價格

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