文章使用TMT標記定量蛋白質組學的方法，分析鑒定了差異表達的蛋白質，對下調的蛋白質進行基因本體論(GO)分析，顯示下調參與線粒體電子傳遞鏈（ETC）的途徑富集，證明了TM處理特別影響了具有較高細胞內銅水平的SOX2/OCT4+細胞中的線粒體ETC途徑。確定TM介導的銅依賴性線粒體復合物IV失活是SOX2/OCT4+群體中的主要代謝缺陷。研究結果確定了銅-代謝-轉移軸，并強調了其作為高危TNBC患者的下一代治療方法的潛力。蛋白質組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。靶向蛋白質組學，信號通路蛋白靶點高通量分析。遼寧研究蛋白組學的方法
通過蛋白質組學+轉錄組學研究方法，發現大黃素引發外泌體通過抑制代謝通路來減少肺泡巨噬細胞的活化和改善肺部炎癥的特征，探究了外泌體在參與炎癥相關***損傷中的重要作用，為大黃素可以通過減少胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化來減輕嚴重急性胰腺炎相關的急性肺損傷提供依據。中文標題：大黃素通過抑制胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化減輕嚴重急性胰腺炎相關的急性肺損傷研究對象：大鼠血漿外泌體發表期刊：ActaPharmaceuticaSinicaB影響因子：11.413發表時間：2021年10月合作單位：四川大學華西醫院運用生物技術：TMT標記定量蛋白組學（由歐易/鹿明生物提供技術支持）、轉錄組學浙江蛋白組學方法蛋白質組學質譜分析蛋白質組學三大基本技術。
采用TMT標記定量蛋白質組學技術對三個脫水特殊階段（21、27和40DAP）的新鮮蓮種胎進行了蛋白質組學分析，共鑒定了5,477個蛋白質。對測試樣本進行了PCA分析，結果顯示，不同組間樣品具有很好的區分，每組的三個重復樣本被聚集在一起。PCA的前兩個成分占總方差的70％以上（圖2A）。三個試驗組之間共有815個差異表達蛋白。其中，198個（32%）和198個（26%）蛋白質豐度增加，而420個（68%）和558個（74%）蛋白質豐度在27DAP和40DAP組分別下降（圖2B）。只有30個蛋白質的豐度在27DAP和40DAP組之間具有***變化（圖2C）。
隨著質譜技術的飛速發展，特別是離子淌度的引入，增加了一個新的分離維度，將蛋白質組研究推進到全新的“4D蛋白質組”層面，打破了基于質譜的蛋白質組學研究的瓶頸，大幅度的提高掃描速度和檢測靈敏度，帶來蛋白質組學在鑒定深度、檢測周期、定量準確性等性能的***提升，可以更好的解決大隊列、復雜體系以及微量樣本的檢測。相比于timsTOF Pro，timsTOF Pro 2 配備了***一代雙TIMS分析器，離子容量可提高三倍。經過簡化的離子透鏡比較大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度，為4D-多組學建立了新的標準。CCS 值的加入讓組學結果更精細，也使timsTOF Pro 2成為轉化組學應用不可或缺的工具。timsTOF Pro 2 能夠實現少量細胞群或生物穿刺樣本等低樣本量的蛋白組定量分析以及磷酸化蛋白質組學分析，在短梯度下實現蛋白深度覆蓋。蛋白質組學的特點蛋白質組和蛋白質組學的概念。
TMT蛋白質組學探究案例：2021年9月，安徽農業大學張照亮教授課題組在Journal of Agricultural and Food Chemistry期刊發表了題為“Nitrogen-Regulated Theanine and Flavonoid Biosynthesis in Tea Plant Roots: Protein-Level Regulation Revealed by Multiomics Analyses”的研究成果，通過TMT蛋白質組學和泛素化蛋白質組學研究方法，發現了氮缺乏條件下茶樹根部響應的差異表達蛋白和泛素化蛋白質，為茶氨酸和黃酮類生物合成的調控提供了新的見解，為茶樹翻譯后修飾調控次生代謝的研究提供了理論依據。一站式服務,蛋白組學研究不同生物體在不同時刻/狀態下蛋白質表達的變化。遼寧研究蛋白組學的方法
單細胞蛋白組學之質譜流式細胞技術。遼寧研究蛋白組學的方法
蛋白質磷酸化修飾是指在磷酸化激酶的作用下將ATP的磷酸基轉移到蛋白質特定氨基酸上的過程，是生物體內**為常見、**為重要的翻譯后修飾之一。生物體內蛋白質的磷酸化修飾是一個瞬時且可逆的過程，通過磷酸化修飾可以改變蛋白質空間構象，從而影響蛋白質的定位、活性及其與其他蛋白的相互作用上海鹿明生物科技有限公司多年來，一直專注于生命科學和生命技術領域，是國內早期開展以蛋白組學和代謝組學為基礎的多層組學整合實驗與分析的團隊。影響因子：13.511發表時間：2022-01-06發表單位：***醫學研究院生物工程研究所運用生物技術：磷酸化蛋白質組學（歐易鹿明提供）、LC-MS靶向代謝組學遼寧研究蛋白組學的方法
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