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全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序，對有參考基因組進行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標準”方案，***用于人、哺乳動物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標志物篩選等探索性課題的研究。靈長類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團隊成員發(fā)表).(IF=)靈長類胚胎發(fā)生的關鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測序技術，詳細研究了獼猴早期著床前...

熒光定量法（Methylight） 這種技術是在MSP技術上發(fā)展起來的，在MSP擴增過程中利用熒光染料進行定量。TaqMan? 探針法的應用使得該技術具有更高的精確性。其原理與SNP檢測類似，針對亞硫酸氫鹽處理之后的DN**段，在甲基化位點上會存在單堿基的差異，根據(jù)這種差異進行探針設計，隨后進行實時定量PCR，就能夠檢測甲基化的差異。這種方法**的優(yōu)勢在于其高敏感性和較高通量，且無需在PCR后電泳、雜交等操作，減少了污染和操作誤差。但是TaqMan? 探針訂購費用較高，適用于少數(shù)位點大量樣本篩選。 DNA甲基化對基因表達調(diào)控起著動態(tài)的重要作用。四川6mA技術服務口碑推薦 ...

cfDNA，cellfreeDNA，就是血液中游離的自身DNA，這些DNA多是從身體的細胞或者白血球破裂釋放出來的，基本上都是無害的，不用多久會被自身清理掉。不過值得一提的是，當孕婦懷孕的時候，胎兒的DNA也會同時釋放到母親的血液里頭去，這是當前火熱的無創(chuàng)唐氏篩查的基礎。通過抽取母親的外周血測序分析其中的游離DNA就可以判斷胎兒是否存在整個染色體或者大片段DNA的變異。有研究已經(jīng)證實，**患者外周血中的cfDNA總量，要高于健康人。通過這一點，雖然不能武斷的說cfDNA能成為**標志物，但是cfDNA的含量增多，能起到一個較好的提示作用，作為一個初篩的手段。基于cfDNA的液態(tài)活檢...

焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術的不斷改進，現(xiàn)在認為焦磷酸測序技術（Pyrosequencing）是甲基化檢測新的金標準。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術，能夠快速地檢測甲基化的頻率，對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中，根據(jù)C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此，不同位點的甲基化變異就能被準確檢測，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應用上具有明顯的優(yōu)勢，目前提供三種焦磷酸測序儀器，通量由低到高，適合不同的應用。PyroMarkQ24的強項在于可對多達24個樣品進行焦磷酸測序。...

全基因組甲基化測序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術相結(jié)合，對有參考基因組進行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測序，是DNA甲基化檢測的“金標準”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標志物篩選等探索性課題的研究。技術優(yōu)勢DNA甲基化檢測**有力的工具單堿基分辨率，檢測每個C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污...

將待測DNA經(jīng)過亞硫酸鹽處理，通過PCR擴增過程引入T7啟動子序列，經(jīng)T7DNA聚合酶的體外轉(zhuǎn)錄過程得到各樣本RNA產(chǎn)物，經(jīng)堿基特異性酶切處理，得到RNA小片段，并用飛行質(zhì)譜檢測每個片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數(shù)據(jù)的自動化處理并報告每個檢測片段的甲基化程度。技術優(yōu)勢·檢測片段長：擴增片段長度可達500bp·高靈敏度：可發(fā)現(xiàn)低至5%甲基化水平，樣本起始量低至10ng。·重復性好：變異系數(shù)CV≤5%。·高性價比：用384孔板進行PCR反應，一個擴增產(chǎn)物可以進行多重CpG位點分析，無需后續(xù)驗證，可直接用于文章發(fā)表。服務內(nèi)容1.根據(jù)客戶提供的序列信息進行預評估；2.進行樣本...

芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領域有了相應的應用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應的產(chǎn)品提供，其中應用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺，相應的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)。不同的芯片平臺，各自的實驗過程也是不一樣的。安捷倫前期...

industryTemplateFFPE樣本只需要室溫運輸。重慶WGBS技術服務歡迎咨詢 Chip-Seq 是指通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DN**段，并對其進行純化和文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DN**段進行高通量測序，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息，是目前在全基因組水平研究蛋白結(jié)合靶DNA序列的重要手段，為轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾、核小體定位等表觀遺傳學的研究提供有效方法。 應用領域 1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達的關系。 2、完成對轉(zhuǎn)錄因子及其它蛋白...

Agilent平臺因為MeDIP技術本身的特點，都不能到達單堿基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測技術卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測技術來源與前期的SNP檢測，采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個位點特異的探針檢測這些序列差異的位點，一個探針是為甲基化位點(M磁珠類型)設計的，而另一個是為未甲基化位點(U磁珠類型)設計的。探針的單堿基延伸摻入了一個標記的ddNTP，它隨后被熒光試劑染色。通過計算甲基化與未甲基化位點的熒光信號比例，可確定檢測位點的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMet...

微生物定植對腸道免疫和代謝相關基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表 Early microbial colonization affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415) 我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測序，比較正常(CON, n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細菌密度及多樣性，同時改變了D...

重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序是目前檢測甲基化的金標準。除了全基因組甲基化測序技術等研究手段，對于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對性的技術方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進行大樣本甲基化測序或者驗證項目，具有更快速的實驗周期及低成本優(yōu)勢。技術優(yōu)勢高效靈活的目標區(qū)域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結(jié)合，單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高科學方案設計從項目背景了解、協(xié)助方案設計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學、縝密的設計及時高效的溝通；以保...

亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對于目標基因/位點檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學應用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個到上百個基因/位點的驗證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢,***用于臨床大樣本多位點的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗證環(huán)節(jié)。微生物定植對腸道免疫和代謝相關基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型，利用RRBS測序比較正常(n=7)和口服***(n=7...

DNA甲基化異常用于甲狀腺結(jié)節(jié)診斷 Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF= 10.199) 惡性結(jié)節(jié)和良性結(jié)節(jié)常常難以診斷。本課題通過RRBS檢測了109個甲狀腺組織的DNA甲基化，發(fā)現(xiàn)*旁、良性結(jié)節(jié)和*組織之間存在***差異，并在65個甲狀腺結(jié)節(jié)的回顧性隊列樣本中得到驗證。這些組織特異性DMR與活性增強子和**相關基因密切相關，...

焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術的不斷改進，現(xiàn)在認為焦磷酸測序技術（Pyrosequencing）是甲基化檢測新的金標準。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術，能夠快速地檢測甲基化的頻率，對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中，根據(jù)C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此，不同位點的甲基化變異就能被準確檢測，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應用上具有明顯的優(yōu)勢，目前提供三種焦磷酸測序儀器，通量由低到高，適合不同的應用。PyroMarkQ24的強項在于可對多達24個樣品進行焦磷酸測序。...

2019國自然基金解析—甲基化研究專題。從生命科學部和醫(yī)學科學部總體來看：2019年度，生命科學部獲自然科學基金委批準資助6478項（不含杰出青年基金項目），批準資助金額共計，單項平均資助金額。2019年度，醫(yī)學科學部共批資助10138項（不含杰出青年基金項目），批準資助金額共計，單項平均資助金額。從甲基化研究方向來看，與甲基化研究相關的項目總數(shù)達283項，項目總金額超過12669萬元。其中生命科學部項目總數(shù)62項，項目金額3235萬元，醫(yī)學科學部項目總數(shù)221項，項目金額9434萬元。從2011-2019年甲基化研究方向的項目金額和項目數(shù)目分析，整體呈上升趨勢；從醫(yī)學科學部來看，...

甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM) 通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會存在序列差異，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn)。使用該方法進行甲基化分析*需一對引物，相對簡單，不過這種方法對儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進行實時定量PCR過程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術進行甲基化檢測只能對檢測片段整體甲基化情況進行分析，并不能明確每個CpG位點的甲基化狀態(tài)。因此這種技術適用于大量樣本的檢測，篩選出感興趣的CPG位點，然后利用其他方法進行單個...

Hepatic stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911) 肝星狀細胞(HSC)是導致肝纖維化發(fā)生和進展的關鍵細胞類型。DNA羥甲基化與轉(zhuǎn)錄***有關，其模式在人類疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細胞的5mC和5hmC水平，證實了5mC和5hm...

亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對于目標基因/位點檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學應用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個到上百個基因/位點的驗證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢,***用于臨床大樣本多位點的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗證環(huán)節(jié)。微生物定植對腸道免疫和代謝相關基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型，利用RRBS測序比較正常(n=7)和口服***(n=7...

亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對于目標基因/位點檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學應用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個到上百個基因/位點的驗證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢,***用于臨床大樣本多位點的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗證環(huán)節(jié)。微生物定植對腸道免疫和代謝相關基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型，利用RRBS測序比較正常(n=7)和口服***(n=7...

DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物、動物等真核生物基因組中，被譽為“第五堿基”；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動物的“第六堿基”；6mA在細菌、藻類及動植物基因組中存在。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序進行DNA甲基化檢測。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標準方案。其特點是：單堿基分辨率；結(jié)合測序。甲基化5mc檢測的金標準——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測**有力的工具。Imp...

甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM) 通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會存在序列差異，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn)。使用該方法進行甲基化分析*需一對引物，相對簡單，不過這種方法對儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進行實時定量PCR過程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術進行甲基化檢測只能對檢測片段整體甲基化情況進行分析，并不能明確每個CpG位點的甲基化狀態(tài)。因此這種技術適用于大量樣本的檢測，篩選出感興趣的CPG位點，然后利用其他方法進行單個...

安捷倫公司芯片平臺因其強大的eArray探針設計平臺，可以進行芯片的定制。在甲基化領域同樣適用。合作伙伴利用Agilent芯片平臺設計了一款專門針對**啟動子區(qū)域CpG島的甲基化芯片。絕大多數(shù)基因是針對基因的啟動子區(qū)域的CpG島設計探針。這款芯片上一共有4160個功能注釋比較明確的基因，其中2128個和**發(fā)生有關系。從功能上分，有256基因和細胞凋亡有關，1273個基因和信號傳導有關，487個基因和壓力和衰老有關。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進行甲基化檢測的方法探針的分辨率可以精確到100 bp。在哺乳動物中CpG以兩種形式存在。6mA技術服務經(jīng)驗豐富 熒光定量法（Me...

重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序是目前檢測甲基化的金標準。除了全基因組甲基化測序技術等研究手段，對于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對性的技術方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進行大樣本甲基化測序或者驗證項目，具有更快速的實驗周期及低成本優(yōu)勢。技術優(yōu)勢高效靈活的目標區(qū)域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結(jié)合，單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高科學方案設計從項目背景了解、協(xié)助方案設計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學、縝密的設計及時高效的溝通；以保...

亞硫酸氫鹽測序PCR(BSP) 這種方法一度被認為是DNA甲基化分析的金標準。它的過程如下：經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，設計引物進行PCR擴增目的片段，并對PCR產(chǎn)物進行克隆測序，將序列與未經(jīng)處理的序列進行比較，判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化。這種方法可靠，且精確度高，能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態(tài)，但因為涉及到測序，其結(jié)果準確但要求克隆時所挑克隆較多，操作繁瑣，不易大批量操作。另外，甲基化程度的定量依賴于挑選克隆的數(shù)目，因此這種方法只能算得上是一種半定量的技術方法。 目前一般會先用BSP找到甲基化位點，然后根據(jù)甲基化位點設計MSP引物，進行相應PCR條件...

DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇，已經(jīng)越來越受到研究者的關注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機制、RNA干擾機制及去甲基化機制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關注，從醫(yī)學領域擴展到動植物研究當中，同時在研究方法上也取得了很大的突破。現(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術進行分析比較，以便于在實際的科研工作中進行選擇。WGBS和RRBS都是金標準技術, CNS發(fā)表文章都很多，廣發(fā)被接受。陜西RIP-seq技術服務專業(yè)服務 微生物定植對腸道免疫和代謝相關基因...

GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型 Targeted Assessment of G0S2 Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288. (IF= 10.199) 研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基...

將待測DNA經(jīng)過亞硫酸鹽處理，通過PCR擴增過程引入T7啟動子序列，經(jīng)T7DNA聚合酶的體外轉(zhuǎn)錄過程得到各樣本RNA產(chǎn)物，經(jīng)堿基特異性酶切處理，得到RNA小片段，并用飛行質(zhì)譜檢測每個片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數(shù)據(jù)的自動化處理并報告每個檢測片段的甲基化程度。技術優(yōu)勢·檢測片段長：擴增片段長度可達500bp·高靈敏度：可發(fā)現(xiàn)低至5%甲基化水平，樣本起始量低至10ng。·重復性好：變異系數(shù)CV≤5%。·高性價比：用384孔板進行PCR反應，一個擴增產(chǎn)物可以進行多重CpG位點分析，無需后續(xù)驗證，可直接用于文章發(fā)表。服務內(nèi)容1.根據(jù)客戶提供的序列信息進行預評估；2.進行樣本...

ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量測序?qū)n5轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進行測序分析的一種研究技術；該技術由美國斯坦福大學的研究人員開發(fā)，2013年***發(fā)表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）。通過轉(zhuǎn)座酶對特定時空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進行切割，獲得在該時空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。應用領域，通常并不單獨使用。作為檢測表觀遺傳-染色質(zhì)開放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達譜緊密相連，從靶標基因的表觀狀態(tài)關聯(lián)到表達...

DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過程，剛被發(fā)現(xiàn)時被定義為第五種堿基，實際上它是一種重要的表觀遺傳學標記，在調(diào)控基因表達、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學過程中發(fā)揮著重大的作用，它就像魔術師手中一頂**神奇的“帽子”，帶給世人層出不窮的驚喜。DNA甲基化的發(fā)生、保持和去除都處在生物體精細的調(diào)控中，一旦發(fā)生紊亂，對于動物而言將導致胚胎死亡或者**等重大疾病，對于植物而言將會出現(xiàn)各種的表型缺陷，那么這頂神奇的“帽子”是如何發(fā)揮它神奇功用的呢？這個問題成為整個生物界**熱的研究焦點之一。研究者們從D...

DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇，已經(jīng)越來越受到研究者的關注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機制、RNA干擾機制及去甲基化機制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關注，從醫(yī)學領域擴展到動植物研究當中，同時在研究方法上也取得了很大的突破。現(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術進行分析比較，以便于在實際的科研工作中進行選擇。DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。北京hMeDIP-Seq技術服務 Hepatic stellate cell transdiffe...