普通轉錄組學測序適用于哪些情況？普通轉錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發育過程；二是不同的環境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉錄組學測序必須做生物學重復么？需要幾個重復？生物學重復是生物實驗所必須的，轉錄組測序也不例外，至少3次生物學重復。準備生物重復樣品時，通過對實驗的預先設計和控制，盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平，減少批次效應對結果的影響。轉錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉錄組測序只能測到mRNA。但是全轉錄組測序通過構建兩個測序文庫（一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫）是可以測到以上4種RNA的。轉錄組學分析轉錄本的結構和表達水平的同時，還能發現未知轉錄本和稀有轉錄本。濟南宏轉錄學組服務

單細胞轉錄組學基本概念：普通轉錄組的思路也可以應用到單細胞轉錄組。普通轉錄組相當于把一群細胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞，尤其是當我們對整個組織進行測序時，它們本身就是由不同類型的細胞組成的，而我們用普通轉錄組來測序，相當于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異，展示的是整個組織的平均的狀態，所以說單細胞從這個來看跟普通轉錄組就不同在是用一個細胞測，不是用一堆細胞測。浙江靶向轉錄組學研究轉錄組學無需預先設計特異性探針。

RNA-Seq，是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集，然后反轉錄為cDNA后進行的新一代高通量測序，在此基礎上進行片段的拼接組裝，從而可得到一個個的轉錄本，進而可以形成對該生物樣品當前發育狀態的基因表達狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉錄組進行比較分析，則可以在轉錄層面得到基因表達水平的變化，針對關鍵基因則可以進行代謝通路（Pathway）的構建。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。

全長轉錄組學測序：由于在轉錄組研究中通常所使用的第二代測序技術具有測序讀長的限制，因此在進行測序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉錄本，這就會造成一定的錯誤比例，同時在也很難區分單堿基水平的差異。全長轉錄組測序的優勢：1、全方面鑒定可變剪切；2、發現更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準確定位融合基因。研究思路：由于全長轉錄組測序是基于第三代測序技術，因而其成本依然較高，如果全部研究項目均基于全長轉錄組，通常來說很難承擔，因此，全長轉錄組測序一般與普通轉錄組測序相結合。轉錄組學是研究細胞表型和功能的一個重要手段。

宏轉錄學組的概念：宏轉錄組是特定時期、環境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉錄本）的匯合。通過對這些轉錄本進行大規模高通量測序，可以直接獲得環境中可培養和不可培養的微生物轉錄組信息。這種技術不只具有宏基因組技術的全部優點，可以檢測環境中的活性微生物、活性轉錄本以及活性功能進行研究，還可以比較不同環境下的差異表達基因和差異功能途徑，揭示微生物在不同環境壓力下的適應機制，探索環境與微生物之間的互作機理。轉錄組學檢測范圍廣，高于6個數量級的動態檢測范圍。濟南宏轉錄學組服務

轉錄組學能夠檢測未知基因，發現新的轉錄本。濟南宏轉錄學組服務

單細胞轉錄組學技術：單細胞轉錄組目前主要有三種方法：SMART擴增技術、10×genomics技術及Andeplete技術。SMART擴增技術比較關鍵的技術，就是設計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉錄酶進行逆轉錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構成，但在PolyT的3’端倒數第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基，而倒數第1個為簡并堿基，這樣做的好處是讓它正好結合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處，而不會結合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉錄酶，這個酶有個特點，就是它在轉錄到mRNA的5’端末端的時侯，會在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個C堿基來。濟南宏轉錄學組服務

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