轉錄組學和基因組學目前有實用價值嗎?二者實用價值非常大，尤其是對有瘤的患者的醫治，簡直顛覆了傳統醫治的模式。轉錄組和基因組月在生物學研究中有著重要價值。例如研究某個基因功能的時候，可以構建該基因的敲除或者過表達生物，然后對比野生型進行轉錄組分析看看該基因涉及什么表達網絡。此外在醫學方面的應用也很大，例如在有的瘤病人中進行基因組學測序和分析能夠了解其中的發生的發展的驅動基因，然后能根據發展的驅動基因研究靶向藥物，從而推動瘤的藥物研發和醫治！轉錄組學能夠檢測未知基因，發現新的轉錄本。四川mRNA-seq轉錄組學方法
轉錄組學技術：轉錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。優勢：高通量、更精確的數字信號；在單核苷酸水平對任意物種的整體轉錄活動進行檢測；分析轉錄本的結構和表達水平的同時，還能發現未知轉錄本和稀有轉錄本；準確地識別可變剪切和融合基因。應用方向：植物生長機制的發現及干預；炎癥發生機制的發現及干預；表達差異的研究；基因點突變及多態性檢測。山東外泌體microRNA轉錄組學定性分析基于高通量測序平臺的轉錄組學測序技術能夠全方面獲得物種特定組織的轉錄本信息。
全轉錄組測序：狹義的轉錄組默認只包含mRNA，但是廣義的轉錄組指的是細胞或組織中所有轉錄產物的匯合，其中包含mRNA和非編碼RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調控功能的smallRNA（以miRNA為表示），長鏈非編碼RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和環狀RNA（circularRNA,circRNA）上，而這幾類ncRNA的調控對象都和mRNA有關。因此，全轉錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉錄組測序即對以上四種ncRNA進行測序，并分析這四者之間復雜的相互作用關系。
轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結果存在較大風險。轉錄組學差異基因數目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標，差異基因的數目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數目是個位數或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉錄組學差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標基因？對不同的差異組合進行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續的研究對象；根據前人的文獻報道，挑選相關差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉錄組學分析轉錄本的結構和表達水平的同時，還能發現未知轉錄本和稀有轉錄本。
單細胞轉錄組關鍵步驟：單細胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細胞。轉錄本的捕獲和擴增：RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA，捕獲效率10%（5-**NA測序需要1ngDNA，極限稀釋加移液分離單細胞；顯微操作分選單細胞；流式分選帶有表面Marker的單細胞；激光切割實體組織；微流控技術；磁珠捕獲，主要用于CTC。它的一個優點是可以結合流式細胞熒光分選（FACS,fluorescentactivatedcellsorting）根據表面Marker分選細胞。因此特別適合分選細胞子集用于測序。它的另一個優點是可以獲得細胞形態全覽圖，提供另外一個維度的信息，可用于鑒定微孔中是否有損傷的細胞或雙份細胞，主要缺點是通量低且每個細胞所需的工作量相當大。轉錄組學測序樣品純度要求，電泳檢測28S:18S至少大于1.8。山東外泌體microRNA轉錄組學定性分析
轉錄組學能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。四川mRNA-seq轉錄組學方法
轉錄組及轉錄組測序（RNA-seq）：轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組測序（RNA-seq）主要通過高通量測序研究特定組織或細胞在某個時期轉錄出來的mRNA的表達量，進而對相關基因和表型的關系進行分析。本質上講RNA-seq就是在用一種新的方法實現“基因決定性狀”的經典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達分析的主要技術是基因芯片，不過由于高通量測序成本的下降，RNA-seq的運用愈來愈普遍。四川mRNA-seq轉錄組學方法
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