全轉錄組測序：狹義的轉錄組默認只包含mRNA，但是廣義的轉錄組指的是細胞或組織中所有轉錄產物的匯合，其中包含mRNA和非編碼RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調控功能的smallRNA（以miRNA為表示），長鏈非編碼RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和環狀RNA（circularRNA,circRNA）上，而這幾類ncRNA的調控對象都和mRNA有關。因此，全轉錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉錄組測序即對以上四種ncRNA進行測序，并分析這四者之間復雜的相互作用關系。轉錄學組測序是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。深圳外泌體microRNA轉錄組學應用
轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學功能，如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉移等。近年來研究發現，環狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉運，以及介導瘤耐藥的細胞內酶，進而在瘤耐藥中發揮重要調節作用。有研究證實通過干擾環狀RNA的表達，可以提高瘤對藥物的敏感性，提示環狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。河南全長轉錄學組研究內容轉錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。
單細胞轉錄組學測試步驟：第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，FACS分選等。假如已經分到了一個單細胞，跟常規的轉錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的，難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細胞量少，需要特殊處理。因為單細胞里面RNA的量少，所以說整個富集的過程中會出現一部分基因在一個細胞里能檢測到，在另外一個細胞里面檢測不到，而每個細胞里面的檢測存在一個隨機性，同時單細胞測序深度比較低，所以說分析時相比于普通轉錄組有一些是需要特別注意，但整體的分析思路是類似的。
全轉錄組測序為什么需要構建兩個文庫？全轉錄組測序需要構建2個測序文庫，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機測序。小RNA長度較短，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達幾萬，通過片段化構建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學廣義上指在某一生理條件下，細胞內所有轉錄組產物的組合。
轉錄組學，基因組學，蛋白質組學的區別：蛋白組學針對的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學手段分解成小肽段，在通過質量反推蛋白序列，之后進行搜索，標識已知未知的蛋白序列。轉錄組學研究的是某個時間點的mRNA總和，可以用芯片，也可以用測序。芯片是用已知的基因探針，測序則有可能發現新的mRNA。基因組學研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測序為主，將基因組拆成小片段后再用生物信息學算法進行迭代組裝。當然這只是第1步，隨后還有繁瑣的基因注釋等數據分析工作。轉錄組學有高通量、更精確的數字信號。深圳外泌體microRNA轉錄組學應用
轉錄組學是研究細胞表型和功能的一個重要手段。深圳外泌體microRNA轉錄組學應用
宏轉錄學組概念：宏轉錄組測序是對某一特定時期、特定環境樣品中的全部微生物的RNA進行高通量測序，直接獲得該環境中所有微生物轉錄組信息的一種測序技術的新應用。宏轉錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環境、疾病、動植物等關系的機制。宏轉錄組分析：從以G為單位的高通量測序數據中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進行宏轉錄組研究必須經歷的一步。現在網絡上分析組學數據的工具五花八門。能否從眾多組學工具中選擇出適合分析宏轉錄組數據的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉錄組分析pipline，直接關乎到后期數據分析的進行。深圳外泌體microRNA轉錄組學應用
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