代謝組學研究方法:代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似,通常有兩種方法。一種方法稱作代謝物指紋分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色譜-質譜聯用(LC-MS)的方法,比較不同血樣中各自的代謝產物以確定其中所有的代謝產物。從本質上來說,代謝指紋分析涉及比較不同個體中代謝產物的質譜峰,然后了解不同化合物的結構,建立一套完備的識別這些不同化合物特征的分析方法。另一種方法是代謝輪廓分析(metabolomic profiling),研究人員假定了一條特定的代謝途徑,并對此進行更深入的研究。代謝組學主要研究的是各種代謝路徑的底物。武漢植物靶向代謝組學檢測價格
代謝組學什么類型的樣本更適合,樣本采集需要注意什么?絕大多數可以可靠收集的生物樣本都適用于代謝組學研究。常見的樣本主要有:臨床和動物的血清、血漿、尿液、糞便、各類組織、體液;細胞和微生物、培養液和發酵液;植物的根、莖、葉、花等。代謝每時每刻都在發生變化,我們需要研究的是某個或多個瞬時狀態,因此樣本采集一般需要保證“快速、一致、簡單”的,采集后通過低溫淬滅(如液氮淬滅或低溫凍存等)的方法阻止離體后的樣本的代謝活動。另外,不同的檢測要求也需要配合不同的收集方法,具體步驟請參照譜領生物樣本收集步驟文件。貴陽常規靶向代謝組學應用代謝組學 (metabolomics)的出現是生命科學研究的必然。
代謝組學樣本收集注意事項:1.對于動物組織樣本無法滿足50mg/樣,如海馬組織,大腦組織等,可考慮同組混樣以達到50mg/樣的要求。2.對于含水量高的果實進行取樣很難保持高度均一性(如番茄的果皮、果肉等),建議將整個果實進行液氮研磨后凍干混勻,對混勻后的粉末進行稱重分裝,凍存。3.盡量不要使用錫箔紙以及自封袋包裝樣本,建議將樣本液氮研磨后使用離心管/凍存管進行分裝。4.在使用PBS緩沖液/超純水進行漂洗時,需要盡快處理。5.植物各類組織樣本建議都使用超純水進行漂洗完之后,再研磨分裝凍存,防止因種植過程中施加的一些肥料、農藥等含有表面活性劑或其他雜質,對后續實驗造成影響。
靶向代謝組學分析成功的關鍵因素是準確度、高通量和可靠性。靶向代謝組學鑒定一般采用 GC/MS 系統的選擇性離子監測 (SIM),或在三重串聯四極桿 LC/MS 系統上用多反應離子監測 (MRM) 進行靶向 MS/MS。SIM 比全掃描圖譜采集具有更高的靈敏度,在單四極桿質譜中,這種靈敏度增強的原因是延長了所選擇離子的采集時間。因為監測的是一個很小的質量窗口,所以質量色譜圖只表示對極為特定質量的檢測。在大多數情況下,靈敏度可以提高 10 倍。MRM 是進行質譜定量的選擇方法,與 SIM 相比更為靈敏、更加特異。可以產生獨特的碎片離子,可對非常復雜基質中的目標化合物進行監測和定量。代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似。
代謝組學比較常用到的數據分析方法:多變量分析:多變量分析方法能同時處理數百或數千個變量,并且能處理變量之間的相互關系。利用變量之間的協方差或相關性,使原始數據在較低維空間上的投影能盡可能地捕獲數據中的信息。但是如果存在大量無信息變量可能會妨礙多變量分析的能力,無信息變量的數量越多,減少真陽性數量的效果就越明顯。多變量分析分為無監督分析方法和有監督分析方法。在代謝組學分析中無監督學習有主成分分析只需要數據集X,而有監督分析方法主要是偏比較小二乘判別分析和正交偏比較小二乘判別分析,這類方法在分析時除了需要數據集X,還需對樣品進行指定并分組, 這樣分組后模型將自動加上另外一個隱含的數據集Y,通常Y的賦值用-1/1或者0/1表示類別信息。代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產物的小分子代謝物(分子量<1000)。浙江脂質代謝組學多分析方法
代謝組學可以檢測的樣品種類有哪些?武漢植物靶向代謝組學檢測價格
選擇代謝組學作為科研技術手段的優勢有哪些?代謝組學的研究處于生物信息流的中游,介于基因、蛋白質和細胞、組織之間,在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用。小分子的產生和代謝是基因表達的下游產物,生物體液的代謝產物分析能夠更直接,更準確的反映生物體的病理生理狀態。代謝物的種類少,大約在103個數量級,要遠小于基因和蛋白質的數據,物質的分子結構要簡單得多,分析起來更簡單明了。代謝組學的代謝物信息庫簡單,它遠沒有全基因組測序及大量表達序列標簽的數據庫那么復雜。基因和蛋白質表達的有效微小變化會在代謝物上得到放大,從而使檢測更容易。代謝產物在各個生物體系中都是類似的,所以代謝組學研究中采用的技術更容易在各個領域中通用,也更容易被人接受。武漢植物靶向代謝組學檢測價格
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