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上海LC-MS/MS非靶向代謝組學方法

來源: 發布時間:2022-05-07

代謝產物是基因表達的產物,在代謝酶的作用下生成。雖然與基因或蛋白質相比,代謝產物較小,但是不能形成代謝產物的細胞是死細胞,因此不能小看代謝產物的重要性。研究人員通過對機體代謝產物的深入研究,可以判斷機體是否處于正常狀態,而對基因和蛋白質的研究都無法得出這樣的結論。事實上,代謝組學研究已經能診斷出一些代謝類疾病,如糖尿病、肥胖癥,代謝綜合癥。目前,已經研究清楚的普通代謝途徑包括三羧酸循環(TCA),糖酵解,花生四烯酸 (AA)/炎癥途徑。代謝組學是研究關于生物體被擾動后其代謝產物種類、數量及其變化規律的科學。上海LC-MS/MS非靶向代謝組學方法

代謝組學適用范圍:1、體液:血清、血漿、尿液、唾液、膝蓋滑液、腦脊液、卵泡液、牛奶、痰液、舌苔液、膽汁等。2、組織:各種動物組織和植物組織。3、細胞:細胞及細胞培養液等。3、微生物:大腸桿菌、鏈球菌等。4、其他:糞便、食糜、腸道內容物等。應用領域:1、非靶向代謝物組學結果的驗證。2、代謝相關生理、病理研究。3、發酵工藝研究。4、食品科學與營養學研究。非靶向代謝組學分析內容:非靶向代謝組學分析內容大致包括數據的預處理(包括質譜峰提取和質譜峰校正)-數據質控(包括t-檢驗、主成分分析等)--差異代謝物分析(包括聚類分析、通路注釋分析、多組學關聯分析等)。動物靶向代謝組學服務代謝組學是系統生物學的重要組成部分。

代謝組學細胞樣本收集:懸浮細胞:1)連同培養基轉移到1.5 mL的進口離心管中。2)低速離心5 min(低于3000 rpm),使細胞沉淀于離心管的底部(1*107個細胞為宜)。3)倒掉培養基(盡量倒干凈),用預冷的PBS反復沖洗2 ~ 3次,低速離心5 min,棄上清。4)標記離心管,將離心管的尖的一端插入液氮中,淬滅細胞沉淀1 min,-80 ℃凍存,干冰寄送。注意事項:1. 培養基傾倒時盡量倒干凈,可使用濾紙將殘留培養液吸凈;2. 甲醇/水請使用色譜純及以上規格;3. 液氮淬滅細胞時,請小心避免離心管破碎導致樣本受損;4. 建議細胞樣本在進行培養時多準備樣本,以備后續使用。

代謝組學的研究對象與層次有哪些?一般來說,代謝組學關注的對象是分子量在1000以下的小分子化合物。根據研究的對象和目的不同,科學家將生物體系的代謝產物分析分為4個層次:代謝物靶標分析:某一個或幾個特定組分的定性和定量分析,如某一類結構、性質相關的化合物(氨基酸、有機酸、順二醇類)或者某一代謝途徑的所有中間產物或多條代謝途徑的標志性組分。代謝物指紋分析:同時對多個代謝物進行分析,不分離鑒定具體單一組分。代謝輪廓分析:限定條件下對生物體內特定組織內的代謝產物的快速定性和半定量分析。代謝組分析:對生物體或體內某一特定組織所包含的所有代謝物的定量分析,并研究該代謝物組在外界干預或病理生理條件下的動態變化規律。代謝組學是在基因組學和蛋白質組學之后新近發展起來的一門學科。

GC-MS非靶向代謝組學醫學分析生物樣本為何要衍生化處理?有哪些衍生化的方法?GC的流動相為氣體(通常為高純氦),這就要求被分析物必須能夠氣化,而生物樣本中很多內源性代謝物都含有極性基團,具有沸點高、不易氣化特點。衍生化能夠降低這些代謝物的沸點,增加它們的熱穩定性,以便分析能夠順利進行。衍生化方法及試劑種類繁多,根據不同的分析目標,需選擇合適的衍生化方法。如分析脂肪酸,我們可以采用甲酯化衍生。在GC/MS代謝平臺上,比較常用的衍生化方法是硅烷化衍生,因為它的廣譜高效。在進行硅烷化衍生之前,還需添加甲氧胺吡啶溶液,以封閉羰基(針對α-酮酸和糖類,保護作用),減少衍生化副產物的生成。與基因組學和蛋白質組學相比, 代謝組學的研究側重于相關特定組分的共性。動物靶向代謝組學服務

代謝組學技術可應用于藥物毒理學。上海LC-MS/MS非靶向代謝組學方法

選擇代謝組學作為科研技術手段的優勢有哪些?1、代謝組學的研究處于生物信息流的中游,介于基因、蛋白質和細胞、組織之間,在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用。2、小分子的產生和代謝是基因表達的下游產物,生物體液的代謝產物分析能夠更直接,更準確的反映生物體的病理生理狀態。3、代謝物的種類少,大約在103個數量級,要遠小于基因和蛋白質的數據,物質的分子結構要簡單得多,分析起來更簡單明了。4、代謝組學的代謝物信息庫簡單,它遠沒有全基因組測序及大量表達序列標簽的數據庫那么復雜。5、基因和蛋白質表達的有效微小變化會在代謝物上得到放大,從而使檢測更容易。6、代謝產物在各個生物體系中都是類似的,所以代謝組學研究中采用的技術更容易在各個領域中通用,也更容易被人接受。上海LC-MS/MS非靶向代謝組學方法