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湖北高通量轉錄組學服務

來源: 發布時間:2022-05-03

轉錄組學的作用:轉錄組測序可以對所有轉錄物進行分類、確定基因的轉錄結構、量化轉錄物的表達水平。蛋白質是生命功能的直接執行者,蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。整合轉錄組學和蛋白質組學的表達數據對生物樣本進行研究,可以從整體上解釋生物學問題,探究生物體生理和疾病機理等。轉錄組學應用于胃腸瘤發生機制研究:利用轉錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA(編碼RNA及非編碼RNA)的變化,有助于更好地理解胃腸瘤的發生機制。宏轉錄組學適用范圍包括人體微生態、環境、工業、農業等領域。湖北高通量轉錄組學服務

什么是轉錄組測序?轉錄組廣義上指在某一生理條件下,細胞內所有轉錄組產物的組合,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狹義上指所有mRNA的組合。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和ncRNA。轉錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。普通轉錄組測序適用于哪些情況?普通轉錄組測序主要適用于兩大類:一是不同的生長階段或者發育過程;二是不同的環境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。廣州轉錄組學質譜鑒定以DNA為模板合成RNA的轉錄過程是基因表達的第一步,也是基因表達調控的關鍵環節。

circRNA轉錄組學:是一類具有閉合環狀結構的非編碼RNA分子,沒有5′ 帽子結構和3′ poly(A)結構,主要位于細胞質或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達更穩定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內。大多數circRNA是由外顯子環化而成,也有部分circRNA是由內含子環化而成的套索結構。轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析?由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區域、操縱子及多順反子,如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話,難度較大,組裝結果存在較大風險。

轉錄組學:隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學的研究進入了后基因組時代,各類組學技術得到迅速地發展與普遍地應用包括以基因為研究對象的基因組學(Genomics)、以轉錄過程為研究對象的轉錄組學(Transcriptomics)。意義:1.轉錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達的信息,并據此推斷相應未知基因的功能,揭示特定調節基因的作用機制.2.通過基于基因表達譜的分子標簽,不只可以辨別細胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3.轉錄組的研究應用于臨床的另一個例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個亞型,尤其是對原發性惡性瘤,通過轉錄組差異表達譜的建立,可以詳細描繪出患者的生存期以及對藥物的反應等。轉錄組學可應用于表達差異的研究。

轉錄組學測序流程:1、樣品RNA準備。2、測序文庫構建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數據分析。轉錄組的分析大致有以下幾種情況:1、同一物種在發育過程中的各時間節點的基因表達特點及存在的差異;2、不同品系之間存在的差異表達基因;3、不同的外界條件處理,如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫,對基因表達的影響;轉錄組(transcriptome),是指特定生長階段某組織或細胞內所有轉錄產物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組學無需預先設計特異性探針。湖北高通量轉錄組學服務

轉錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?湖北高通量轉錄組學服務

circRNA轉錄組學生物學功能:circRNA主要存在于細胞質或外泌體中,具有組織特異性、疾病特異性、時序特異性及高穩定性等特征。近幾年,大量的研究表明circRNA在生物的生長發育、脅迫應答、疾病發生和發展等方面密切相關,并預測其在疾病診斷標記物等方面的應用前景,但其生物學功能在很大程度上仍然未知。目前認可度比較高的circRNA生物學功能。miRNAsponge。circRNA富含miRNA結合位點來充當miRNA海綿作用,阻止miRNA在3′非翻譯區與mRNA相互作用,進而間接調控miRNA下游靶基因的表達。湖北高通量轉錄組學服務