宏轉錄組分析：從以G為單位的高通量測序數據中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進行宏轉錄組研究必須經歷的一步。現在網絡上分析組學數據的工具五花八門。能否從眾多組學工具中選擇出適合分析宏轉錄組數據的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉錄組分析pipline，直接關乎到后期數據分析的進行。這種技術不只具有宏基因組技術的全部優點，可以檢測環境中的活性微生物、活性轉錄本以及活性功能進行研究，還可以比較不同環境下的差異表達基因和差異功能途徑，揭示微生物在不同環境壓力下的適應機制，探索環境與微生物之間的互作機理。轉錄組學能準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區域。杭州單細胞轉錄組學技術分析

轉錄組學介紹：轉錄組學是研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態下所轉錄出所有 RNA 的學科，轉錄組測序是指利用高通量測序方法，研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態下所轉錄出的所有 mRNA，用于揭示不同功能狀態下的基因表達、結構的差異，闡明分子機制。應用領域：醫學研究：疾病標志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復發診斷、病因與病理機制探究、臨床療效評價、藥物毒理學評價。生命科學研究：非生物環境關系研究、植物與微生物、在表型鑒定中的應用、代謝途徑及功能基因組研究、藥用植物研究中的應用。杭州單細胞轉錄組學技術分析轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析？

RNA-seq轉錄組學技術優勢有：1、可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度;2、靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本;3、可以對任意物種進行全基因組分析，能夠檢測未知基因，發現新的轉錄本，并準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區域;4、檢測范圍廣，能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。RNA-seq轉錄組學是需要生物學重復的，至少需要兩次生物學重復，3次以上的生物學重復更好。以3個重復為例，加上對照的三個生物學重復，一次RNA-seq需要6個樣本。

轉錄組學(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科，從RNA水平研究基因的表達情況。轉錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態下的幾乎所有的轉錄本及基因序列，可以用來研究基因表達量、基因功能、結構、可變剪接和預測新的轉錄本等等。轉錄組（transcriptome），是指特定生長階段某組織或細胞內所有轉錄產物的匯合，狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學狹義上指所有mRNA的組合。

全轉錄組測序為什么需要構建兩個文庫？全轉錄組測序需要構建2個測序文庫，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機測序。小RNA長度較短，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達幾萬，通過片段化構建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學可以直接測定每個轉錄本片段序列。杭州外泌體轉錄組學鑒定

轉錄組學測序結果的影響因素？杭州單細胞轉錄組學技術分析

轉錄組學測序有什么樣的樣品要求？（1）樣品純度要求：OD值應在1.8至2.2之間；電泳檢測28S:18S至少大于1.8。（2）樣品濃度：totalRNA濃度不低于400ng/μg。（3）totalRNA樣品請置于-20℃保存；請提供totalRNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數據，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數據。（4）樣品請置于1.5ml管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間，管口使用Parafilm封口。建議使用干冰運輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。杭州單細胞轉錄組學技術分析