轉錄組學含義:轉錄組學是指一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段。以DNA為模板合成RNA的轉錄過程是基因表達的第一步,也是基因表達調控的關鍵環(huán)節(jié)。所謂基因表達,是指基因攜帶的遺傳信息轉變?yōu)榭杀鎰e的表型的整個過程。與基因組不同的是,轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環(huán)境下,其基因表達情況是不完全相同的。通常,同一種組織表達幾乎相同的一套基因以區(qū)別于其他組織,如腦組織或心肌組織等分別只表達全部基因中不同的30%而顯示出組織的特異性。轉錄組學狹義上指所有mRNA的組合。武漢轉錄組學鑒定
什么叫轉錄組學?廣義轉錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質分子和它們所組成的基因功能網絡以及它們與細胞功能的關系.而狹義轉錄組是指可直接參與翻譯蛋白質的mRNA總和。轉錄組是干什么用的,和表達譜有什么區(qū)別?轉錄組,指細胞某一時期所有基因的轉錄水平。轉錄組學,是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。簡而言之,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。廣東全長轉錄學組服務轉錄組學測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和。
RNA-Seq轉錄組學技術優(yōu)勢:RNA-seq技術可以檢測到低水平表達、未識別的轉錄子和新拼接亞型基因。另一方面,與基因芯片相比,RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍,可以研究編碼和非編碼RNA,更易于基因網絡的構建、發(fā)現選擇性剪切轉錄物,檢測到等位基因的具體表達方式,也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中,一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉錄序列,而不是有限制數量的基因,并且,研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的,他們可以相互結合使用,產生更多的生物學上重要的信息。
轉錄組學(transcriptomics)是功能基因組學(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分,是一門在整體水平上研究細胞中所有基因轉錄及轉錄調控規(guī)律的學科。隨著人類基因組計劃HGP(HumanGenomeProject)的完成,科學家也逐漸認識到對基因結構序列的研究只是基因組學研究的一部分,并不能揭示所有的生命奧秘,所以接下來需要解決的問題是:研究這些基因序列的功能、參與的生命過程、表達調控方式,以及這些基因在不同的時空條件下的表達差異等。這些問題都需要功能基因組學技術來解決,而轉錄組學技術是功能基因組學研究的重要組成部分。對基因及其轉錄表達產物功能研究的功能基因組學,將為疾病控制和新藥開發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路,為人類解決健康問題、食物問題、能源問題和環(huán)境問題提供新方法。普通轉錄組測序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。
單細胞轉錄組學技術:單細胞轉錄組目前主要有三種方法:SMART擴增技術、10×genomics技術及Andeplete技術。SMART擴增技術比較關鍵的技術,就是設計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉錄酶進行逆轉錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構成,但在PolyT的3’端倒數第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基,而倒數第1個為簡并堿基,這樣做的好處是讓它正好結合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處,而不會結合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉錄酶,這個酶有個特點,就是它在轉錄到mRNA的5’端末端的時侯,會在新合成的cDNA的3’末端,多加出幾個C堿基來。普通轉錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。外泌體microRNA轉錄組學應用
轉錄組,指細胞某一時期所有基因的轉錄水平。武漢轉錄組學鑒定
RNA-Seq,是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法:首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集,然后反轉錄為cDNA后進行的新一代高通量測序,在此基礎上進行片段的拼接組裝,從而可得到一個個的轉錄本,進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉錄組進行比較分析,則可以在轉錄層面得到基因表達水平的變化,針對關鍵基因則可以進行代謝通路(Pathway)的構建。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。武漢轉錄組學鑒定