宏轉錄組學也稱為環(huán)境轉錄組學,指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時期菌群群體全部基因轉錄情況以及轉錄調控規(guī)律,以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應機制,探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機理。其適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農業(yè)等領域。宏轉錄組學以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象,避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題,能有效的擴展微生物資源的利用空間。應用領域:包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。轉錄組學包括:mRNA、ncRNA、rRNA等。武漢外泌體microRNA轉錄組學研究內容
轉錄組學(Transcriptomics),是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科,從RNA水平研究基因的表達情況。轉錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉錄本及基因序列,可以用來研究基因表達量、基因功能、結構、可變剪接和預測新的轉錄本等等。轉錄組(transcriptome),是指特定生長階段某組織或細胞內所有轉錄產物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。廣東單細胞轉錄組學轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。
轉錄組學:隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學的研究進入了后基因組時代,各類組學技術得到迅速地發(fā)展與普遍地應用包括以基因為研究對象的基因組學(Genomics)、以轉錄過程為研究對象的轉錄組學(Transcriptomics)。意義:1.轉錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達的信息,并據(jù)此推斷相應未知基因的功能,揭示特定調節(jié)基因的作用機制.2.通過基于基因表達譜的分子標簽,不只可以辨別細胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3.轉錄組的研究應用于臨床的另一個例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個亞型,尤其是對原發(fā)性惡性瘤,通過轉錄組差異表達譜的建立,可以詳細描繪出患者的生存期以及對藥物的反應等。
轉錄組學技術:轉錄組學(transcriptomics),是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。簡而言之,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段。優(yōu)勢:高通量、更精確的數(shù)字信號;在單核苷酸水平對任意物種的整體轉錄活動進行檢測;分析轉錄本的結構和表達水平的同時,還能發(fā)現(xiàn)未知轉錄本和稀有轉錄本;準確地識別可變剪切和融合基因。應用方向:植物生長機制的發(fā)現(xiàn)及干預;炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預;表達差異的研究;基因點突變及多態(tài)性檢測。轉錄組學可以直接測定每個轉錄本片段序列。
單細胞轉錄組學技術:單細胞轉錄組目前主要有三種方法:SMART擴增技術、10×genomics技術及Andeplete技術。SMART擴增技術比較關鍵的技術,就是設計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉錄酶進行逆轉錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構成,但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基,而倒數(shù)第1個為簡并堿基,這樣做的好處是讓它正好結合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處,而不會結合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉錄酶,這個酶有個特點,就是它在轉錄到mRNA的5’端末端的時侯,會在新合成的cDNA的3’末端,多加出幾個C堿基來。普通轉錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。上海SmalIRNA轉錄組學技術服務
轉錄組具有時間特異性的特點。武漢外泌體microRNA轉錄組學研究內容
轉錄組學的概念:轉錄組是指特定組織或細胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的匯合,包括蛋白質編碼的信使RNA和非編碼RNA(rRNA、tRNA和其他ncRNAs),高通量測序技術也被稱為下一代測序(NGS)技術,推進了基因組學的研究進展。該項新技術除了研究靜態(tài)基因組,近年來也開始應用于動態(tài)轉錄分析,由此衍生的技術稱為RNA序列分析(RNA-seq)隨著DNA基因芯片技術的快速發(fā)展,開創(chuàng)了這個病癥近十年的高通量轉錄組研究。RNA-Seq技術可以從轉錄水平檢測瘤中的改變基因。通過相關軟件分析,鑒定相關改變基因在瘤發(fā)生的發(fā)展中所起的作用。然后經過刷選,進一步挑選出相關靶基因進行實驗研究,有望為瘤的基因醫(yī)治提供新的靶點。武漢外泌體microRNA轉錄組學研究內容
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