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深圳SmalIRNA轉錄組學定性分析

來源: 發布時間:2022-03-22

什么叫轉錄組學?廣義轉錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質分子和它們所組成的基因功能網絡以及它們與細胞功能的關系.而狹義轉錄組是指可直接參與翻譯蛋白質的mRNA總和.研究生物細胞中轉錄組的發生和變化規律的科學就稱為轉錄組學(tran—scriptomics)。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉錄學組測序可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測。深圳SmalIRNA轉錄組學定性分析

轉錄組及轉錄組測序(RNA-seq):轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組測序(RNA-seq)主要通過高通量測序研究特定組織或細胞在某個時期轉錄出來的mRNA的表達量,進而對相關基因和表型的關系進行分析。本質上講RNA-seq就是在用一種新的方法實現“基因決定性狀”的經典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達分析的主要技術是基因芯片,不過由于高通量測序成本的下降,RNA-seq的運用愈來愈普遍。杭州全轉錄學組研究方法轉錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?

單細胞轉錄組學基本概念:普通轉錄組的思路也可以應用到單細胞轉錄組。普通轉錄組相當于把一群細胞混合到一起去提取RNA,獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA,然后建庫測序,獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性,且存在異質性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞,尤其是當我們對整個組織進行測序時,它們本身就是由不同類型的細胞組成的,而我們用普通轉錄組來測序,相當于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異,展示的是整個組織的平均的狀態,所以說單細胞從這個來看跟普通轉錄組就不同在是用一個細胞測,不是用一堆細胞測。

轉錄組學:隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學的研究進入了后基因組時代,各類組學技術得到迅速地發展與普遍地應用包括以基因為研究對象的基因組學(Genomics)、以轉錄過程為研究對象的轉錄組學(Transcriptomics)。意義:1.轉錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達的信息,并據此推斷相應未知基因的功能,揭示特定調節基因的作用機制.2.通過基于基因表達譜的分子標簽,不只可以辨別細胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3.轉錄組的研究應用于臨床的另一個例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個亞型,尤其是對原發性惡性瘤,通過轉錄組差異表達譜的建立,可以詳細描繪出患者的生存期以及對藥物的反應等。普通轉錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發育過程。

轉錄組學測序類型:1.根據RNA種類:可以分為mRNA測序,SmallRNA測序,LncRNA測序、CircRNA測序、全轉錄組測序等。2.根據物種特點:比如真核生物或者原核生物,是否有參考基因組,測序平臺的不同,分為真核有參和無參轉錄組測序,原核轉錄組測序,全長轉錄組測序等。3.根據相互關系:分為互作轉錄組,比較轉錄組等等;此外,基因組甲基化會影響到基因的轉錄調控,也屬于轉錄調控測序范疇;還有用于研究轉錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq,研究RNA與蛋白互作關系的RIP-Seq,以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。什么是轉錄組學測序?深圳SmalIRNA轉錄組學定性分析

轉錄組具有時間特異性的特點。深圳SmalIRNA轉錄組學定性分析

轉錄組學測序結果的影響因素?RNA的降解嚴重影響測序的質量,RNA降解后,加入poly-A后無法捕獲純化mRNA,因此,隨機引物反轉錄無法得到全部的cDNA,導致測序結果出現明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產生干擾,影響測序結果的準確性;同時由于轉錄組中轉錄本的豐度不一致,實驗前需要對樣本進行均一化處理,否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因,導致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復序列。深圳SmalIRNA轉錄組學定性分析

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