轉錄組學(Transcriptomics),是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科,從RNA水平研究基因的表達情況。轉錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態下的幾乎所有的轉錄本及基因序列,可以用來研究基因表達量、基因功能、結構、可變剪接和預測新的轉錄本等等。轉錄組(transcriptome),是指特定生長階段某組織或細胞內所有轉錄產物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉錄學組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。哈爾濱SmalIRNA轉錄組學方法
全轉錄組學測序技術優勢:文庫優化:針對不同長度的序列采用兩種文庫構建方法,采用去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數據全:全轉錄組測序完成后可獲取4類主要RNA(miRNA,mRNA,lncRNA,circRNA)數據,可對這些數據進行標準分析及整合分析。關聯全:通過對mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測定及后續分析,深入開展全轉錄組調控網絡(ceRNA網絡)分析。樣本類型:細胞,組織,體液、血清、血漿、全血,總RNA等。建議總RNA起始量:>15μg,濃度≥200ng/μL)。北京外泌體microRNA轉錄組學質譜分析轉錄組學可以準確地識別可變剪切和融合基因。
轉錄組學研究的方法:在早期,由于測序價格昂貴、基因序列數目有限,轉錄組學研究者只能進行極少數特定基因的結構功能分析和表達研究。近十幾年,分子生物學技術的快速發展使高通量分析成為可能,這為真正意義上的轉錄組學的研究奠定了基礎。這些高通量研究方法主要可以分為兩類:一類是基于這類方法包括表達序列標簽技術、基因表達系列分析技術、大規模平行測序技術、RNA測序技術其中,Microarray和EST技術是較早發展起來的先驅技術,SAGE、MPSS和RNA-sea是高通量測序條件下的轉錄組學研究方法轉錄組學研究有助于了解特定生命過程中相關基因的整體表達情況,進而從轉錄水平初步揭示該生命過程的代謝網絡及其調控機理。
轉錄組學測序有什么樣的樣品要求?(1)樣品純度要求:OD值應在1.8至2.2之間;電泳檢測28S:18S至少大于1.8。(2)樣品濃度:totalRNA濃度不低于400ng/μg。(3)totalRNA樣品請置于-20℃保存;請提供totalRNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數據,包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數據。(4)樣品請置于1.5ml管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。建議使用干冰運輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。轉錄組具有時間特異性的特點。
轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學(transcriptomics),是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。簡而言之,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段。轉錄組學(transcriptomics),是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。簡而言之,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組學靈敏度高,可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本。浙江高通量轉錄組學鑒定
轉錄學組測序可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測。哈爾濱SmalIRNA轉錄組學方法
全轉錄組測序為什么需要構建兩個文庫?全轉錄組測序需要構建2個測序文庫,一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫,然后分別上機測序。小RNA長度較短,一般小于50nt,采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,通常在1000以上,可達幾萬,通過片段化構建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。哈爾濱SmalIRNA轉錄組學方法
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