RNA-Seq轉錄組學技術優勢：RNA-seq技術可以檢測到低水平表達、未識別的轉錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個更廣的檢測動態范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網絡的構建、發現選擇性剪切轉錄物，檢測到等位基因的具體表達方式，也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中，一個主要優勢是可以分析整個轉錄序列，而不是有限制數量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他們可以相互結合使用，產生更多的生物學上重要的信息。轉錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。南京轉錄組學分析方法

轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結果存在較大風險。轉錄組學差異基因數目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標，差異基因的數目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數目是個位數或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉錄組學差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標基因？對不同的差異組合進行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續的研究對象；根據前人的文獻報道，挑選相關差異基因，不要局限在自己研究的物種上。南京IncRNA轉錄組學質譜分析轉錄組具有組織特異性的特點。

全轉錄組學測序技術優勢：文庫優化：針對不同長度的序列采用兩種文庫構建方法，采用去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數據全：全轉錄組測序完成后可獲取4類主要RNA（miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA）數據，可對這些數據進行標準分析及整合分析。關聯全：通過對mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測定及后續分析，深入開展全轉錄組調控網絡(ceRNA網絡)分析。樣本類型：細胞，組織，體液、血清、血漿、全血，總RNA等。建議總RNA起始量：＞15μg，濃度≥200ng/μL）。

轉錄組學測序比其他研究方法有哪些優勢?轉錄組學測序具有以下優勢：（1）可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度，同時不存在傳統微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題；（2）靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本；（3）可以對任意物種進行全基因組分析，無需預先設計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析，同時能夠檢測未知基因，發現新的轉錄本，并準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區域。（4）檢測范圍廣，高于6個數量級的動態檢測范圍，能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。轉錄組學能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。

RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數據自己進行后續的生信分析（質控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發育的關系。基因分類：找到細胞特異，疾病相關，處理相關的基因表達模式，用于診斷疾病和預測等。基因網絡和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。轉錄組學可以準確地識別可變剪切和融合基因。廣東SmalIRNA轉錄組學研究內容

轉錄組學無需預先設計特異性探針。南京轉錄組學分析方法

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