我們究竟怎么研究蛋白質組學呢？抗體免疫的方法呢，其實就是ELISA，Western及蛋白質芯片。通過合成大量蛋白質特異的抗體，能夠進行定性檢測及相對定量分析，只要你有好用的抗體，那么就可以通過免疫反應讓抗體快速的識別你感興趣的蛋白質，然后用例如HRP發光等標記方法顯示它們是否存在于你的樣品當中。現在已有的抗體不只能識別特定蛋白質，還能識別特定修飾的特定蛋白質或者被特定修飾過的特定蛋白質Motif。蛋白質組與基因組相對應，也是一個整體的概念。定量蛋白質組學通過對蛋白質的定量分析，以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達情況。上海4D定量蛋白質組學研究內容

LabelFree(非標記蛋白質組學技術)：在非標記策略的定量模型中，主要涉及兩種不同的算法：其一，以肽段的色譜峰積分面積為基礎，通過比較一對生物樣品中相對應到蛋白質酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度；其二，以肽段被質譜檢測的計數為基礎，通過歸一化來表征被檢測蛋白質的相對豐度。非標記技術認為肽段在質譜中被捕獲檢測的頻率（Counts）與其在混合物中的豐度成正相關，因此蛋白質被質譜檢測的計數反映了蛋白質的豐度，通過適當的數學公式可以將質譜檢測計數與蛋白質的量聯系起來，從而對蛋白質進行定量。濟南常規蛋白質組學質譜鑒定對人類而言，蛋白質組學的研究終究要服務于人類的健康。

Labelfree非標記定量蛋白質組學技術特點：（1）不需要標記處理，操作簡單，成本低、實驗周期短；（2）每個樣品單獨處理、上機；（3）可以做任意樣本的總蛋白質差異定量，樣品類型不受限制；（4）對單個樣品的蛋白總量要求相對較低，對于組織本身蛋白量不高，可以選擇Label-Free，適用于一些難收集樣品；（5）定性沒有問題，但是定量的準確性較標記定量稍差，會受到質譜穩定性等因素的影響；（6）適合于大樣本量的定量比較（大于24個樣本）。蛋白質組學在醫學的研究應用：蛋白質組學(Proteomics)是研究細胞、組織或生物體中蛋白質組成、定位、變化及其相互作用規律的科學。

蛋白質組學在醫學的研究應用：蛋白質組學(Proteomics)是研究細胞、組織或生物體中蛋白質組成、定位、變化及其相互作用規律的科學。labelfree-非標定量法分析技術方法：非標定量法[Labelfree]是近年來重要的質譜定量方法，通過比較質譜分析次數或質譜峰強度，分析不同來源樣品蛋白的數量變化。蛋白質非標記定量技術（LabelFree）是通過液質聯用技術對蛋白質酶解肽段進行質譜分析，無需使用昂貴的穩定同位素標簽做內部標準，只需分析大規模鑒定蛋白質時所產生的質譜數據，比較不同樣品中相應肽段的信號強度，從而對肽段對應的蛋白質進行相對定量。蛋白質組學將成為尋找疾病分子標記和藥物靶標比較有效的方法之一。

蛋白質組學：質譜分析蛋白質組學的基本原理主要是通過測定被測樣品離子的理化性質來進行分析，根據樣品的質量譜圖和相關信息從而得到定性和定量結果。目前，蛋白質組學質譜分析一般是根據保留時間（retentiontime）、質荷比（m/z）、離子強度（intensity）這三個維度對肽蛋白質進行鑒定和定量，即3D蛋白質組學。4D蛋白質組學在3D蛋白質組學的基礎之上增加了第四維度，離子淌度（mobility），主要根據離子的形狀和截面對離子進行分離，能夠區分m/z差值非常小的肽段，使低豐度蛋白信號能夠被區分和識別出來。4D蛋白質組學基于timsTOFPro質譜儀，結合PASEF（ParallelAccumulationSerialFragmentation，同步累積連續碎裂）與TIMS（TrappedIonMobilitySpectrometry，離子遷移譜），可重復測量所有檢測離子的碰撞截面（CCS），能更快、更靈敏的進行蛋白質組定性和定量。蛋白質組學是以蛋白質組為研究對象，研究細胞、組織或生物體蛋白質組成及其變化規律的科學。濟南常規蛋白質組學質譜鑒定

蛋白質組（Proteome）一詞，源于蛋白質（protein）與基因組（genome）兩個詞的組合。上海4D定量蛋白質組學研究內容

蛋白組學技術：蛋白質組學研究的首要任務是建立獲取和分析蛋白質的常規、可靠、有效的技術。為達到這一要求，就需要樣品準備、數據獲取標準化及自動化，也就是要有可重復的高通量的技術。蛋白質組學技術手段在不斷完善，其工作流程，包括蛋白質樣本的制備、分離、定量及鑒定。由雙向凝膠電泳、質譜技術、酵母雙雜交系統、蛋白質微陣列技術、能進行大規模數據處理的計算機系統和軟件、軟電離技術及生物信息學技術構成了蛋白質組學研究的主要技術體系。其中蛋白質組學技術中的質譜技術是現在比較常用的一種蛋白質鑒定技術。上海4D定量蛋白質組學研究內容

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