蛋白質乙酰化修飾組學定量分析：1. SILAC細胞標記，組織/細胞破碎，提取、提純目的蛋白質（基于SILAC的乙酰化修飾組學定量）。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 對多肽片段進行iTRAQ標記（基于iTRAQ的乙酰化修飾組學定量）。4. 使用高效特異性乙酰化抗體對乙酰化修飾肽段進行免疫富集。5. 使用LC-MS/MS對富集的乙酰化肽段進行序列分析。6. 數據分析，比對不同樣本中蛋白乙酰化修飾水平差異，并對產生變化的生物學意義進行解釋。蛋白磷酸化修飾過程是通過蛋白激酶催化，將磷酸基團從ATP轉移到多肽底物的絲氨酸、或酪氨酸殘基上。山東乙酰化修飾蛋白質組學分析方法

蛋白質學組翻譯后修飾的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一種替代方法，分析組蛋白時其原理類似于自下而上分析策略。在使用這種分析方法時，通常需要將被檢測蛋白質消化成3-9kDa范圍內的肽段，因此也無法保證檢測到的肽段的完整性。但是，由于儀器的進步和保留了組蛋白尾部的組合修飾，自中而下分析法正逐漸受到歡迎。自中而下更接近于自下而上法的靈敏度。自上而下：自上而下技術可以直接對完整的蛋白質進行測序，包括翻譯后修飾的蛋白質和其他大的蛋白質片段，而不只是肽段。這可以比較大程度地保留與PTMs相關的信息，使其適用于組蛋白的全方面表征和分析。自上而下技術對蛋白質的有效分辨率已達到229kDa，一次可以檢測到的蛋白質數量也在增加。磷酸化修飾蛋白質組學類型常見的蛋白質翻譯后修飾包括乙酰化。

蛋白質翻譯后修飾：蛋白質的翻譯后修飾通過可逆的共價鍵將小分子或蛋白質與底物蛋白質上特定的氨基酸結合，調控著底物的酶活性、功能以及三級結構的變化。各種蛋白質翻譯后修飾在信號通路和網絡中發揮著重要的作用，翻譯后修飾系統的紊亂將導致一系列疾病的發生。通過實驗的方法鑒定蛋白質翻譯后修飾的位點需要耗費大量的資金和時間，并且酶反應的優化常常難以實現。而計算的方法則能夠快速、準確的預測酶特異性的底物蛋白質及其修飾位點。

蛋白質磷酸化修飾組學：蛋白質的磷酸化修飾是生物體內重要的共價修飾方式之一。磷酸化修飾本身所具有的簡單、靈活、可逆的特性，以及磷酸基團的供體ATP的易得性，使得磷酸化修飾被真核細胞所選擇接受成為一種比較普遍的調控手段。蛋白質的磷酸化和去磷酸化這一可逆過程，幾乎調節著包括細胞的增殖、發育、分化、細胞骨架調控、細胞凋亡、神經活動、肌肉收縮、新陳代謝發生等生命活動的所有過程，并且可逆的蛋白質磷酸化是目前所知道的比較主要的信號轉導方式。目前已經知道有許多人類疾病是由于異常的磷酸化修飾所引起，而有些磷酸化修飾卻是某種疾病所導致的后果。蛋白質翻譯后修飾組學磷酸化修飾具有靈活的特性。

翻譯后修飾蛋白組：翻譯后修飾蛋白組分析是指在組學水平上對存在翻譯后修飾的蛋白質進行分析。翻譯后修飾蛋白組是指細胞或組織等整體水平上的翻譯后修飾蛋白。蛋白質的翻譯后修飾（Post Translational Modifications, PTMs）是蛋白質在翻譯中或翻譯后經歷的一個共價加工過程。蛋白翻譯后修飾通過在一個或多個氨基酸殘基上加修飾基團或通過蛋白質水解去基團而改變蛋白質的性質，調節蛋白質的功能。經過翻譯后修飾的蛋白質稱為翻譯后修飾蛋白。目前，已知的蛋白質翻譯后修飾主要包括糖基化、磷酸化、乙酰化、泛素化、二硫鍵配對、甲基化和亞硝基化等等。蛋白質磷酸化修飾鑒定方法有免疫印跡技術。深圳蛋白質亞硝基化修飾組學

蛋白質磷酸化修飾的免疫印跡技術優點：檢測特異性高。山東乙酰化修飾蛋白質組學分析方法

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