轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結果存在較大風險。轉錄組學差異基因數目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標，差異基因的數目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數目是個位數或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉錄組學差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標基因？對不同的差異組合進行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續的研究對象；根據前人的文獻報道，挑選相關差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。北京全長轉錄學組

轉錄組學和基因組學目前有實用價值嗎?二者實用價值非常大，尤其是對有瘤的患者的醫治，簡直顛覆了傳統醫治的模式。轉錄組和基因組月在生物學研究中有著重要價值。例如研究某個基因功能的時候，可以構建該基因的敲除或者過表達生物，然后對比野生型進行轉錄組分析看看該基因涉及什么表達網絡。此外在醫學方面的應用也很大，例如在有的瘤病人中進行基因組學測序和分析能夠了解其中的發生的發展的驅動基因，然后能根據發展的驅動基因研究靶向藥物，從而推動瘤的藥物研發和醫治！廣州mRNA-seq轉錄組學技術轉錄組具有時間特異性的特點。

單細胞轉錄組學技術：10×genomics技術：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個堿基的長度。一共有400萬種Barcode，一個微珠是對應于一種Barcode，通過這400萬種Barcode，可以把凝膠微珠給區分開（通過barcode可以把cell分開）。UMI是一段隨機序列，也就是說每一個DNA分子，都有自己的UMI序列（一個微珠上有很多種UMI，通過UMI可以把RNA分子分開，并可以標記RNA分子的數量）。10個堿基長的UMI，有100萬種序列的變化（4^10=1,048,576），UMI的作用是為了區分哪些reads是來自于一個原始cDNA分子區分基因片段重復還是duplication及區分是真實的SNP位點還是PCR產生的突變。通過10×genomics儀器將單個細胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起，形成油包水的小微滴。

轉錄組是干什么用的，和表達譜有什么區別？轉錄組，指細胞某一時期所有基因的轉錄水平。轉錄組學，是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。對RNA的分析。分析應該是分幾個維度的DNA到RNA，RNA的剪切拼接，RNA的翻譯。表達譜有兩種，分別是基因表達譜和蛋白質表達譜。基因表達譜是指細胞中所有基因表達的格局。通過比較分析基因表達譜，可從整體水平研究代謝機制，認識基因相互作用的網絡關系，發現重要基因。轉錄組學能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。

單細胞轉錄組學測試步驟：第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，FACS分選等。假如已經分到了一個單細胞，跟常規的轉錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的，難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細胞量少，需要特殊處理。因為單細胞里面RNA的量少，所以說整個富集的過程中會出現一部分基因在一個細胞里能檢測到，在另外一個細胞里面檢測不到，而每個細胞里面的檢測存在一個隨機性，同時單細胞測序深度比較低，所以說分析時相比于普通轉錄組有一些是需要特別注意，但整體的分析思路是類似的。轉錄組學廣義上指在某一生理條件下，細胞內所有轉錄組產物的組合。廣州mRNA-seq轉錄組學技術

轉錄組學可以在單核苷酸水平對任意物種的整體轉錄活動進行檢測。北京全長轉錄學組

轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。轉錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。北京全長轉錄學組

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