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河南個性化定制靶向代謝組學分析方法

來源: 發布時間:2022-01-30

代謝組學研究方法:代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似,通常有兩種方法。一種方法稱作代謝物指紋分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色譜-質譜聯用(LC-MS)的方法,比較不同血樣中各自的代謝產物以確定其中所有的代謝產物。從本質上來說,代謝指紋分析涉及比較不同個體中代謝產物的質譜峰,然后了解不同化合物的結構,建立一套完備的識別這些不同化合物特征的分析方法。另一種方法是代謝輪廓分析(metabolomic profiling),研究人員假定了一條特定的代謝途徑,并對此進行更深入的研究。代謝組學可以檢測的樣品種類有哪些?河南個性化定制靶向代謝組學分析方法

代謝組學概念:代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產物的小分子代謝物(MW<1000)。 在食品安全領域,利用代謝組學工具發現農獸藥等在動植物體內的相關生物標志物也是一個熱點領域。其樣品主要是動植物的細胞和組織的提取液。主要技術手段是核磁共振(NMR),質譜(MS),色譜(HPLC,GC),其中以NMR為主。通過檢測一系列樣品的NMR 譜圖,再結合模式識別方法,可以判斷出生物體的病理生理狀態,并有可能找出與之相關的生物標志物(biomarker)。河南非靶向代謝組學技術分析代謝組學是對某一生物或細胞中相對分子量小于1,000的小分子代謝產物進行定性和定量分析的一門新學科。

代謝組學需要多少的生物學重復?生物學重復指的是相同處理的相同類型的生物樣本的數量(如相同劑量給藥后2小時的小鼠采集并且相同儲存條件和處理方法血清樣本)。相較于基因和蛋白,代謝物處于生命活動的下游,收到環境和遺傳背景等因素影響較大,生物學重復少可能會放大組內差異對于整體差異的影響,進而影響結果(如準確和足夠多的找出生物標志物)。因此根據不同的生物類型,需要不同的生物學重復來增加數據的可靠性和說服力。代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似。

藥物代謝和代謝組學區別:代謝組學與藥物代謝不同是它關注的對象不是外源性的藥物而是生物體本身就有的內源性代謝物。這些代謝物是糖,脂肪,蛋白質,核酸,膽汁酸等等代謝得到的。還有共生菌代謝的,是一個龐大的混合物。目的是通過樣本的對比,發現潛在標志物,指導疾病早期診斷甚至基因水平的研究。而藥物代謝的目標是只要只要追蹤到這種藥物分子在體內變化就好,相當具有靶向性,因此使用的技術手段就是LC-MS。檢測藥物的中間體,和具體的藥效,藥代動的效應。代謝組學先進分析檢測技術結合模式識別和專家系統等計算分析方法是代謝組學研究的基本方法。

代謝組學樣品收集方法及所需樣本量是什么?(1) 血清樣品: 避免反復凍融。血液收集在離心管中靜置30分鐘進行凝血。8000rpm離心10分鐘,取上清分裝到凍存管中,放置液氮中或-80度凍存;單個樣本要求體積為50μL。(2) 尿液樣品:臨床樣本請全部取清晨第1次尿液。尿液直接分裝到離心管中,8000rpm離心10分鐘,取上清分裝到凍存管中,放置液氮中或-80度凍存,-80度凍存;單個樣本要求體積為100μL。(3) 其他樣本收集辦法請咨詢譜領工作人員。代謝組學作為系統生物學的重要組成部分,在臨床醫學領域具有普遍的應用前景。河南非靶向代謝組學技術分析

代謝組學主要技術手段是質譜(MS)。河南個性化定制靶向代謝組學分析方法

GC-MS非靶向代謝組學能檢測到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測分析范圍。GC/MS能檢測到有機酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準確度?GC/MS的定性有雙重標準,一是保留指數,二是質譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強且穩定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進一步碎裂產生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實際指紋圖譜和質譜庫(如NIST庫)進行比對后,我們將會得到一個叫相似度的指標。保留指數和相似度都必須滿足設定的閾值,軟件才會給出色譜峰的定性結果。然后采用標準品質譜信息進行完全比對定性,也就是說只有經過標準品比對,代謝物才是被100%定性。河南個性化定制靶向代謝組學分析方法

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