普通轉錄組學測序適用于哪些情況？普通轉錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發育過程；二是不同的環境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉錄組學測序必須做生物學重復么？需要幾個重復？生物學重復是生物實驗所必須的，轉錄組測序也不例外，至少3次生物學重復。準備生物重復樣品時，通過對實驗的預先設計和控制，盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平，減少批次效應對結果的影響。轉錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉錄組測序只能測到mRNA。但是全轉錄組測序通過構建兩個測序文庫（一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫）是可以測到以上4種RNA的。轉錄組學可以準確地識別可變剪切和融合基因。四川宏轉錄學組方法

轉錄組學（Transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內所有轉錄產物的匯合，包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉運RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA)；狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組具有很強的時間和空間特性，是基因功能及結構研究的基礎和出發點，掌握了生物個體基因轉錄水平的變化，可深入了解其生命活動特征和調控機制。通過新一代高通量測序，能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態下的幾乎所有轉錄本的基因序列信息。深圳靶向轉錄組學方法轉錄組學測序有什么樣的樣品要求？

轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學功能，如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉移等。近年來研究發現，環狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉運，以及介導瘤耐藥的細胞內酶，進而在瘤耐藥中發揮重要調節作用。有研究證實通過干擾環狀RNA的表達，可以提高瘤對藥物的敏感性，提示環狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。

單細胞轉錄組學測試步驟：第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，FACS分選等。假如已經分到了一個單細胞，跟常規的轉錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的，難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細胞量少，需要特殊處理。因為單細胞里面RNA的量少，所以說整個富集的過程中會出現一部分基因在一個細胞里能檢測到，在另外一個細胞里面檢測不到，而每個細胞里面的檢測存在一個隨機性，同時單細胞測序深度比較低，所以說分析時相比于普通轉錄組有一些是需要特別注意，但整體的分析思路是類似的。轉錄組學可應用于表達差異的研究。

RNA-seq轉錄組學技術優勢有：1、可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度;2、靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本;3、可以對任意物種進行全基因組分析，能夠檢測未知基因，發現新的轉錄本，并準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區域;4、檢測范圍廣，能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。RNA-seq轉錄組學是需要生物學重復的，至少需要兩次生物學重復，3次以上的生物學重復更好。以3個重復為例，加上對照的三個生物學重復，一次RNA-seq需要6個樣本。轉錄組學無需預先設計特異性探針。深圳靶向轉錄組學方法

轉錄組學可應用于炎癥發生機制的發現及干預。四川宏轉錄學組方法

全轉錄組測序為什么需要構建兩個文庫？全轉錄組測序需要構建2個測序文庫，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機測序。小RNA長度較短，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達幾萬，通過片段化構建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。四川宏轉錄學組方法

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