用下一代測序技術(next generation sequencing,NGS)測定
16S/18S/ITS 某個可變區的序列,可以反映環境樣
品在細菌、、古菌等組成的微生物群落之間的
差異,對研究海洋、土壤、宿主等不同環境中的
微生物群落組成及動態變化有重要的指導作用,同
時也是系統發育和分類學研究中一種使用的方法。
ITS 的保守型表現為種內相對一致,種間差異較明
顯,能夠反映出種屬間甚至菌株間的差異。此外,
ITS 序列片段較小(ITS1 和 ITS2 長度分別為 350 bp
和 400 bp 左右,但不同物種之間存在一定差異),
易于分析。也就是說,ITS 具有更高的擴增和測序
成功率以及分類學分辨率,目前已被應用于真
菌不同種屬的系統發育分析。 上海融享生物科技有限公司測序的16s 18S ITS 擁有完善的售后服務。廣東16S測序電話
16SrRNA能夠鑒定難 于分類的微生物種類,鑒定培養陰性的細菌,細菌種屬的檢測。 采用16SrRNA法對微生物分離鑒定時要注意防止核酸污染出現假 陽性,在檢驗標本時控制細菌的污染。提取的微生物中總DNA能 夠遺傳的多樣性,選擇合適的方法提取樣品中的各種微生物 的基因。避免在探針雜交中出現假陰性結果,為確定雜交反應的 敏感性,所以使用微生物的通用探針作為陽性對照,對PCR產物中的嵌合序列進行排除。隨著現物信息學的發展以及大量微 生物的l6SrRNA基因測序工作的完成,16SrRNA在醫學微生物鑒 定中的應用越來越重要。湖南環境微生物16S測序ITS 的各種測序應用領域還是不一樣的。
在細菌的系統分類學研究中有用的和常 用的分子鐘是 rRNA, 其種類少、含量大(約占細菌 RNA 含量的 80%), 分子大小適中, 存在于所有的 生物中, 特別是其進化具有良好的時鐘性質, 在結 構與功能上具有高度的保守性, 素有“細菌化石” 之稱。rRNA 是細菌和真核細胞核糖體的基本組 成部分, 編碼 rRNA 的基因是按 5′- 16S- 23S- 5S- 3′方式排列的, 由兩個非編碼的間隔區序列所分 開。16S rDNA、23S rDNA、5S rDNA 三部分組成 一個 RNA 操縱子, 這個操縱子作為一個單位進 行轉錄。轉錄后處理成為成熟的 16S、23S 和 5S rRNA。
16SrRNA 序列
分析技術的基本原理就是利用恒定區序列設計通用引物從微
生物樣本中擴增出16SrRNA 的 基 因 片 段,通 過 克 隆 測 序、探
針雜交、酶切片段多態性分析或凝膠電泳等方 法獲 得 16S
rRNA 序列信息,再與16SrRNA 基因數據庫中的序列數據或
其他數據進行同源對比及分析,從而鑒定樣本中可能存在的病
原菌種類。目前絕大多數的研究都 是 先 將16SrRNA 反 轉 錄 為16SrDNA 再 進 行 進 一 步
的研究。也可以提取細菌總的 DNA 之 后,利用細菌通用引物
對樣品總 DNA 中的16SrRNA 基因進行全長擴增,再對 PCR
產物進行進一步研究。 18S 的各種測序應用領域還是不一樣的。
rRNA 鑒定微生物具有高靈敏度和特異性,且
所需檢測時間短,不依賴于微生物的分離培養,所以可用于臨
床上快速、準確鑒定致病微生物,并且可以檢測出未知的新型
微生物種類。16SrRNA 由于高度保守及變異性較小,適 合 于
屬內種間的鑒別,而16S~23SrRNA 區間由于具有高度變異
性及相對保守性,更適合那些16SrRNA 無法鑒別而關系非常
密切的某些菌種和種內菌株的鑒別,因此,這兩種檢測方法各
有所長,后者是前者的很好補充。但是在實驗室檢測過程中仍
舊存在某些問題,但相信隨著分子生物學技術的進一步發展以
及對16SrRNA 及16S~23SrRNA 區間基礎和臨床研究的不
斷深入,許多目前在實驗操作中存在的問題一定會得到更好的
解決。 您知道上海融享生物科技有限公司的16s都有哪些嗎?福建全長16S測序公司
對于不同的需求我們選擇不同的ITS 測序。廣東16S測序電話
DNA 探針雜交:PCR 擴增含有高變區的部分 16S rRNA 基 因, 然后用根據 16S rRNA 基因中高變區的序列 設計出一系列的種特異性的探針與之雜交。通過 16S rRNA 種屬特異性的探針與 PCR 產物雜交以 獲得微生物組成信息。此外, 探針也可以直接與樣 品進行原位雜交檢測, 通過原位雜交不僅可以測 定微生物的形態特征和豐度, 而且能夠分析它們 的空間分布, 該方法簡單快速, 主要應用于快速檢 測, 但可能出現假陽性或假陰性結果。近年來 T Yamamoto 等設計和合成出人腸道 區系中常見的雙歧桿菌屬 5 個種( 兩歧雙歧桿菌、 青春雙歧桿菌、嬰兒雙歧桿菌、短雙歧桿菌和長雙 歧桿菌) 的特異性的寡核苷酸探針, 它們具有 16~ 19 個堿基長度, 并與這 5 個種的 16S rRNA 序列 互補。用天然高分子量的 RNA 制備物作為靶子, 這些寡核苷酸探針對于人腸道中這些種的菌株具 有高度的種特異性, 結果表明用此法檢測這 5 個 種的 16S rRNA 序列能取得所期望的結果, 并且 整個試驗過程從獲得純細胞物后只需 6h 可完成。廣東16S測序電話