冷藏集裝箱是指一種有良好隔熱，且能維持一定低溫要求，適用于各類易腐食品的運送、貯存的集裝箱。冷藏集裝箱的基本類型有保溫集裝箱、外置式冷藏集裝箱、內藏式冷藏集裝箱、液氮和干冰冷藏集裝箱、冷凍板冷藏集裝等。
隨著現代化集裝箱碼頭在世界各地的新建和集裝箱碼頭基礎設施和設備的不斷革新完善，門到門的冷藏集裝箱運輸為食品冷鏈運營提供廣闊的發展空間。因為滿載食品、水果或者果汁的冷藏集裝箱可以直接從農場、果園或者加工廠開到超級市場倉庫或者配送中心，而擁有自足或者電力供應系統的冷藏集裝箱本身也是冷藏食品的臨時倉庫，在遠洋貨輪、火車、駁船或者卡車上遠途運輸，尤其是現代化集裝箱船可以把大批水果冷藏箱從拉丁美洲，長途跋涉地運到遠東，中東、北美和歐洲等地區。

冷藏集裝箱的一些貨物可能要求濕度控制或者大量的新鮮空氣（比如球莖花卉）。應當注意大多數冷凍裝置*能夠減少濕度，并且這取決于所提供的新鮮空氣的數量。人工氣調儲藏運輸的貨物需要使用能夠利用氮和二氧化碳替代氧氣水平的用途的集裝箱，來延長已采摘的產品的保質期。這種方法適用于許多有核和無核水果，但要求具備的知識來確定適宜的氣體濃度水平。

冷藏集裝箱的水果的低設定溫度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷凍貨物通常被認為是“惰性(inert)”貨物，一般在-18℃（0°F）或更低溫度下運載。既然冷藏和冷凍貨物都是易腐爛的，就必須注意確保這類貨物以佳狀態交付。對于冷藏貨物，除了有限的幾種例外情況（比如肉，巧克力，膠片，化學物品，奶制品，人工氣調儲藏運輸貨物）外，其通風設備通常要保持開啟狀態。

冷藏集裝箱出租是指集裝箱增加了冷藏功能后對外出租的一種方式，早期很多食品兩地運輸的距離過長，路上花的時間過久導致變質損壞，慢慢的人們就在集裝箱里面增加了冷藏功能，這就是冷藏集裝箱的來源。現在陸運或者海運冷藏集裝箱的使用率都很高，已經變成了一種通用的運送工具。
大多數的貨物都可以用集裝箱進行海運運輸，只有少數不適合。根據國家《關于發展我國集裝箱運輸若干問題的規定》中規定的適合用集裝箱裝的貨物為12個品類，即交電、儀器、小型機械、玻璃陶瓷、工藝品；印刷品及紙張、、煙酒食品、日用品、化工品、針紡織品和小五金等。